空間轉錄組測序的數據質量和玻片有效區域的利用率、貼片的質量和透化時間息息相關。貼片質量不良會影響總的有效spot數等；而透化不合理會導致spot的reads數、基因中位數等參數。而在特異性基因表達方面，我們也可以統計空間轉錄組群體的特異性基因表達即Markergene，將他們在組織切片以及空轉上進行著色。我們也可以對于任意一個已知的基因或者數據庫中的一些細胞Marker，然后將其在基因表達在空間轉錄組的切片以及HE染色上展示自己的基因表達進而了解，群體中的可能的細胞組成關系。十二年測序經驗，累計服務與5000余項重要科研項目。廣州上海烈冰生物空間轉錄組測序服務

相比于常規的測序手段，空間轉錄組測序有幾個明顯的優勢：1.將轉錄組信息與空間信息對應，體現組織內部的異質性：每個區域獨特的條形碼使測序結果與空間位置形成一一對應關系。雖然暫時還無法精細到單細胞層面，但是這樣的區域劃分也已經足以展現出組織內部不同區域間的轉錄組差異。2.不影響對全組織進行分析：芯片上捕獲的全轉錄組在同一個反應中完成測序，能有效降低多次重復實驗中的誤差。測序結果如果不按照條形碼歸類，則直接體現的是切片全組織的轉錄組情況，無需再做單獨檢測。3.為進一步的研究提供指導意見：常規的轉錄組測序，對后續實驗的指導仍然停留在全組織層面。而空間轉錄組測序則可以標識出更有價值的研究區域，引導研究者將組織進一步細分。深圳烈冰生物空間轉錄組測序服務豐富的測序和數據分析經驗，烈冰配套全程個性化、定制化地數據分析服務。

空間轉錄組技術流程：1、組織優化由于不同物種、組織來源的樣本所需的比較好透化時間不盡相同，在正式開展空間轉錄組測序實驗前，需要利用組織優化kit進行條件的摸索。組織優化芯片上包含8個捕獲區域，每個區域均覆蓋了熒光標記探針，可捕獲mRNA形成帶有熒光標簽的cDNA，隨即可通過熒光成像結果判定比較好透化時間及組織優化條件。2、空間轉錄組測序確定組織優化條件后，即可進行切片、H&E染色及成像、空間轉錄組文庫構建及測序分析流程。

空間轉錄組數據可以用單細胞轉錄組數據的分析策略進行分析，例如，利用GO和Pathway分析篩選不同發育時期特定空間區域內的信號通路及其關鍵基因的較大情況，揭示在特定發育時期特定區域內發生的生物學過程。針對任何一個基因，空間轉錄組可以顯示表達該基因的點陣及其空間排布；單細胞轉錄組可以給出該基因表達的細胞類群；原位測序可以給出該基因在細胞內的表達狀況。通過不同發育時間點的信息比較，可以分析細胞類群在某個部位在不同時間點的差異，給出其在細胞內的真實的演變狀況。空間轉錄組測序數據分析，認準烈冰NovelBrain生物信息數據分析平臺。

空間轉錄組測序在病理學中，通過添加基因表達維度，得出形態學結論，通過觀察基因表達區域，了解可能發生假陰性/假陽性的位置; 在免疫學，研究免疫細胞浸潤、不同區域的免疫細胞中的基因表達特征；免疫群體擴散、不同類型免疫細胞的空間位置解析； 在神經科學，研究大腦皮層層狀組織解析，揭示大腦皮層的結構-功能關系，正常vs.疾病大腦結構特征分析與疾病相關的基因表達于特定的大腦皮層； 在發育生物學，通過解析每個發育階段不同解剖區域特有的基因表達特征，解析組織中與形態形成相關基因；豐富基因表達的空間注釋信息，創建組織發育的空間細胞圖譜。截至2021年10月，烈冰助力發表空間轉錄組測序文章近20篇。深圳高通量測序空間轉錄組技術支持

烈冰空間轉錄組測序助您深入探究細胞類型特異性和基因調控網絡特征。廣州上海烈冰生物空間轉錄組測序服務

當前的技術主要有四種策略：1、基于組學實驗結合空間重建的計算策略這種計算方法可以充分利用內在基因表達模式或共表達的趨勢，從單個細胞的大量轉錄組數據中重構細胞間的環境。然而，這些推論方法在某些情況下只呈現空間趨勢或特定組織的總體布局。2激光切割與NGS測序結合的策略基于LCM的轉錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉錄組，盡管其通量很低，但是在可以標記成千上萬個單個細胞位買的多路復用條形碼策路可行之前，將少量細胞的數據粗略地整合到構成組織的巨大背景中，可能具有一定價值。3、基于熒光物質原位的轉錄組學基于圖像的原位轉錄組學在很大程度上增加了可檢測區域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉錄本積累等復雜背景中提取單個細胞。4、基于身核苷酸的空間條碼加上NGS測序。廣州上海烈冰生物空間轉錄組測序服務

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