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上海BD Rhapsody單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測序

來源: 發(fā)布時間:2022-09-04

對于單細(xì)胞測序而言,常常需要先構(gòu)建細(xì)胞圖譜,在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項分析,并且數(shù)據(jù)分析時以細(xì)胞聚類(cell cluster)為討論對象,而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細(xì)胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴(yán)格,但是單細(xì)胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復(fù)雜度(增加樣本數(shù)),盡可能的構(gòu)建某一疾病類型、群體細(xì)胞圖譜信息。因此,單細(xì)胞測序?qū)嶒炘O(shè)計時首先需要保證生物學(xué)重復(fù),不同樣本來源的樣本建議單獨(dú)進(jìn)行細(xì)胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細(xì)胞數(shù),單個樣本分別捕獲細(xì)胞時,后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準(zhǔn)確性。單細(xì)胞多組學(xué)測序技術(shù)整合了單細(xì)胞各個組學(xué)特征, 提供了揭示細(xì)胞內(nèi)復(fù)雜分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及其互動關(guān)系的機(jī)會。上海BD Rhapsody單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測序

多樣本數(shù)據(jù)合并:FractionofReadsKept:合并樣本時,各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,需要進(jìn)行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準(zhǔn)將不同樣本中細(xì)胞測序深度標(biāo)化到同一水平,從而避免因測序深度差異導(dǎo)致的基因檢測數(shù)量、基因表達(dá)水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程!無錫烈冰單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測序為了能深入分析和理解細(xì)胞狀態(tài)和命運(yùn)決定的機(jī)制, 將單細(xì)胞各組學(xué)技術(shù)結(jié)合在一起的單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)產(chǎn)生。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序是在單細(xì)胞水平上高通量測序分析基因表達(dá)譜的技術(shù),突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性,組織解離后,單個樣本一次上機(jī)能捕獲500-20000個細(xì)胞,基于每個細(xì)胞分別建庫測序,獲得單個細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài),并鑒定細(xì)胞的類型,可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進(jìn)行比較,反映細(xì)胞間的異質(zhì)性。而2021年橫空出世的10XGenomicsChromiumX平臺實現(xiàn)了單塊chip上的百萬級別通量的細(xì)胞捕獲,系統(tǒng)實現(xiàn)16個通道同時運(yùn)行,每個通道可捕獲2000-20000個細(xì)胞(不混樣),并支持原ChromiumController體統(tǒng)外的多種細(xì)胞捕獲百萬級別通量實驗,可準(zhǔn)確鑒別稀有細(xì)胞類型和適配大規(guī)模單細(xì)胞研究。

單細(xì)胞多組學(xué)測序技術(shù)的發(fā)展依賴于各種單一組學(xué)檢測技術(shù)的完善,但即使在單細(xì)胞測序技術(shù)迅速發(fā)展的情況下,在單細(xì)胞水平協(xié)同檢測多個不同的分子層面仍然非常具有挑戰(zhàn)性.每一種組學(xué)都有不同的特性和測量方法,這些方法在敏感性、特異性、通量和適用性上都有所不同.因此,在單細(xì)胞水平對多種組學(xué)方法進(jìn)行整合和應(yīng)用時,需要在策略上做出改進(jìn),以保證各組學(xué)間的上游建庫以及下游生物信息分析均能良好地兼容,同時也要明確技術(shù)的局限性及其對研究結(jié)果的潛在影響。在單細(xì)胞水平上的多組學(xué)分析能夠為研究組提供前所未有的臨床和科研大數(shù)據(jù)。

細(xì)胞是構(gòu)成生命的基礎(chǔ)單元,迅速發(fā)展的單細(xì)胞測序技術(shù)為在單細(xì)胞層面研究細(xì)胞功能及其背后的基因調(diào)控機(jī)制提供了重要的技術(shù)手段,單細(xì)胞測序可用于檢測多種不同的組學(xué)種類,包括轉(zhuǎn)錄組、染色質(zhì)開放組、DNA甲基化組、組蛋白修飾組等等,對不同組學(xué)技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析有助于更地刻畫細(xì)胞內(nèi)的基因調(diào)控狀態(tài)、揭示調(diào)控機(jī)制。然而,與傳統(tǒng)的bulk數(shù)據(jù)相比,單細(xì)胞數(shù)據(jù)具有規(guī)模大、噪聲高、異構(gòu)性強(qiáng)等特點(diǎn),如何通過開發(fā)新的計算方法實現(xiàn)對這些寶貴數(shù)據(jù)的有效利用已成為當(dāng)今生物信息學(xué)領(lǐng)域關(guān)注的重點(diǎn)與熱點(diǎn)。烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺,不依賴已有物種信息,可研究非模式物種,針對不同平臺的數(shù)據(jù),制定多套流程。寧波scRNA單細(xì)胞多組學(xué)測序價格

單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)可在同一細(xì)胞中捕獲分析兩種以上的組學(xué)信息,包括轉(zhuǎn)錄組、基因組、表觀基因組、蛋白組等。上海BD Rhapsody單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測序

其實,空間轉(zhuǎn)錄組的概念早就已經(jīng)存在了,目前已經(jīng)發(fā)表的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。但是這些方法存在操作復(fù)雜、檢測精度不準(zhǔn)確、基因和細(xì)胞檢測量的限制等問題。10xGenomics公司升級spatialTranscriptomic后推出的Visium空間基因表達(dá)解決方案是一款商業(yè)化的高精度、高通量空間轉(zhuǎn)錄組測序方案。烈冰科技自2020年起,國內(nèi)率先搭建空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)平臺,聯(lián)合上線單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序、AbSeq、單細(xì)胞TCR-Seq、單細(xì)胞ATAC-Seq(ARCHR測序)、空間轉(zhuǎn)錄組測序產(chǎn)品結(jié)合scRNA-Seq服務(wù),多組學(xué)聯(lián)合助力科研人員探索時空等多維度、多角度的動態(tài)變化的生物學(xué)信息。烈冰生物為您提供貼心的單細(xì)胞研究完整解決方案!上海BD Rhapsody單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測序

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