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天津10X單細胞測序平臺

來源: 發布時間:2022-09-08

基因和基因產物并不是單獨運作的,而是參與了相互關聯的復雜通路、網絡和分子系統,這些合在一起實現了細胞、組織和生物體的運作。定義這些系統并確定它們的特征和相互作用,對于了解生物系統如何運作至關重要。”為了推動科學發現,科學家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛在生物復雜性的研究工具。對于越來越多的研究人員來說,單細胞RNA測序和單細胞多組學——即在單細胞分辨率下對基因表達及其他基于DNA、RNA或蛋白質的分析物進行定量分析的基因組方法——在幫助解決他們面臨的生物學問題上已證實是行之有效的。烈冰實驗室包含從樣本處理到測序下機的全套實驗平臺。天津10X單細胞測序平臺

多樣本數據合并:FractionofReadsKept:合并樣本時,各樣本根據MappedBarcodedReadsperCell數量計算出來的數據利用率。如果各樣本間該參數值相差很大,需要進行Downsample處理,以數據量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數據,深度解讀數據分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統穩定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!二代測序單細胞測序數據分析烈冰引進國際主流單細胞和空間轉錄組測序平臺,保障細胞精度的前提下提供組織內部精細區域的空間信息。

一味的追求高細胞數量的捕獲,小心得不償失,原因在這:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,而細胞聚類是在區分cell和non-cell后,獲得細胞基因表達譜,通過降維(pca),無監督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,因此即使是相同的數據,在剔除幾個細胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現明顯不同。而當細胞捕獲數過多時,無論是假陰性和假陽性數據還是多細胞數據,都會對正常細胞聚類產生影響,造成聚類結果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細胞數在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數在3000-5000個時,數據量在100G左右時,可以滿足分析和文章發表的多重需求。

為什么需要單細胞分辨率?生物學就像宇宙一樣。它非常復雜,有許多獨特的單體,也就是細胞。這些細胞相互作用并扮演不同的角色,在更大的體系中構建并驅動多個過程。就像伽利略探索宇宙的努力一樣,發現和定義這些細胞也需要高分辨率的工具,才能解開促成生物學復雜性的基因表達異質性。單細胞測序能夠在以一個細胞為功能單位中開展生物學研究,闡明具體細節,構建出一幅更大、更精細的圖譜,說明導致產生某種外在表型的不同類型的分子和細胞之間是如何相互作用的:患者為什么會復發?是什么讓這種疫苗能夠有效防止傳染等等諸多問題。烈冰科技已建立了多種國際和國內主流的高通量測序實驗平臺。

對于單細胞測序而言,常常需要先構建細胞圖譜,在此基礎上再開展后續各項分析,并且數據分析時以細胞聚類(cellcluster)為討論對象,而不是像常規Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格,但是單細胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復雜度(增加樣本數),盡可能的構建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此,單細胞測序實驗設計時首先需要保證生物學重復,不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細胞數,單個樣本分別捕獲細胞時,后續分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準確性。測序可準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記(SNPs或SSR)等生命科學重要問題。蘇州高通量測序單細胞測序價格

個性化制定測序項目方面,滿足從檢測基因到蛋白的多組學測序要求。天津10X單細胞測序平臺

單細胞多組學提升見解基于測序的數據能夠將彰顯其強大之處,因為它能夠了解同一單細胞的多種生物分析指標。如果說單細胞基因表達提供了一種顏色的詳細信息,那么單細胞多組學提供了同一細節的全彩色圖譜,為您帶來樣本的真實視圖。烈冰2021年強勢引進的10xGenomicsChromium單細胞平臺能夠從同一單細胞中讀取細胞復雜性的多組學特征。與傳統方法不同,單細胞多組學簡化了您需要開展的實驗,也節省了您需要分析的樣本,而能獲得相同的結果。這不但節省了寶貴的樣本,還保證了更高的生物學準確性,因為您不需要匹配拆分樣本的數據集并通過計算來推斷各個組學之間的關系。天津10X單細胞測序平臺

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