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吉林高通量測序單細胞測序數據分析

來源: 發布時間:2022-09-13

單細胞多組學帶來的突破不但改進了實驗過程,還幫助科學家在健康和疾病研究的關鍵領域取得新進展。那些過去從轉錄平均值或單項參數讀取中無法獲得的新發現正在改變我們對疾病的認識。從鑒定新的細胞類型和狀態,到揭開疾病用藥應答和耐藥的潛在機制,單細胞測序正在推動突破性的研究,有望改變生物學和醫療。無論是無法解釋的疾病,還是人體或自然界中尚未探索的系統,曾經模糊的東西正變得越來越清晰。隨著我們邁向科學的未來,我們手頭的工具就像伽利略的望遠鏡一樣能夠提高焦距和放大倍數,而定義科學未來的知識新深度是十年前的人們所無法想象的。烈冰實驗室包含從樣本處理到測序下機的全套實驗平臺。吉林高通量測序單細胞測序數據分析

為什么需要單細胞分辨率?生物學就像宇宙一樣。它非常復雜,有許多獨特的單體,也就是細胞。這些細胞相互作用并扮演不同的角色,在更大的體系中構建并驅動多個過程。就像伽利略探索宇宙的努力一樣,發現和定義這些細胞也需要高分辨率的工具,才能解開促成生物學復雜性的基因表達異質性。單細胞測序能夠在以一個細胞為功能單位中開展生物學研究,闡明具體細節,構建出一幅更大、更精細的圖譜,說明導致產生某種外在表型的不同類型的分子和細胞之間是如何相互作用的:患者為什么會復發?是什么讓這種疫苗能夠有效防止傳染等等諸多問題。西安10X單細胞測序多組學測序豐富的測序和數據分析經驗,烈冰配套全程個性化、定制化地數據分析服務。

截至2022年6月,烈冰生物助力發表單細胞文章近40篇,從平臺應用比例來看,應用10X Genomics和BD Rhapsody兩大平臺發文比例各占50%左右,研究類型涵蓋疾病發展,靶點探索,免疫研究,神經發育,干細胞分化,植物發育,退行病變,糖尿病,COVID-19等等研究;從發表期刊水平來看,烈冰生物聯合發表的單細胞文章,CNS一區期刊占比在30%以上,其中包括immunity三篇,Nature子刊3篇(Nature cell biology,Nature Plants,Nature communication),風濕類領域ARD期刊1篇,CUT 1篇,Advanced Science多篇,IF大于10分以上文章占比高達68.5%,烈冰專屬單細胞測序服務團隊,將與您攜手譜寫下一篇“高分”新文章。

一味的追求高細胞數量的捕獲,小心得不償失,原因在這:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,而細胞聚類是在區分cell和non-cell后,獲得細胞基因表達譜,通過降維(pca),無監督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,因此即使是相同的數據,在剔除幾個細胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現明顯不同。而當細胞捕獲數過多時,無論是假陰性和假陽性數據還是多細胞數據,都會對正常細胞聚類產生影響,造成聚類結果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細胞數在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數在3000-5000個時,數據量在100G左右時,可以滿足分析和文章發表的多重需求。烈冰專研單細胞多組學測序領域。

烈冰生物成立于2010年,與時俱進,堅持為科研學者提供國際前沿的高通量測序實驗和深度的生物信息數據分析服務,已逐步發展為單細胞多組學檢測服務高新技術企業。專注于“單細胞測序系列技術服務”的專精領域,在上海、北京、廣州、西安和江西等地擁有數千平辦公場所,并布局多中心產品研發生產基地和營銷、運營中心。2016年起連續被評為上海市高新技術企業,60+項自主知識產權,轉化率近80%。產品覆蓋從單細胞測序,核測序,單細胞多組學,空間轉錄組測序等多組學聯合的實驗+數據分析全流程服務平臺。為600+國內高校和醫院、5000+深度合作學者用戶、10000+生命科學探索的重要科研項目在醫藥開發、科學研究、醫學及臨床研究,疾病分子標志物篩選、生命和神經發育研究等提供多層次、多組學檢測服務和解決方案,助力300+CNS國際學術期刊文章發表,30+篇單細胞技術聯合(助力)發文,IF10+文章占比>65%。烈冰測序服務已助力300余篇國際期刊研究文章發表。天津10X Chromium X單細胞測序數據分析可視化

截至2021年10月,烈冰助力發表單細胞測序文章近20篇。吉林高通量測序單細胞測序數據分析

二代測序技術在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencingbysynthesis)和大規模平行測序技術(massiveparallelanalysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如IlluminaSolexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構建、簇生成、測序和數據分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3和5端接上3種序列:1)Index,用于區分樣品來源;2)Adapter,用于結合測序通道上的位點;3)Primerbindingsite,用于結合PCR引物啟動擴增反應。


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上海烈冰生物醫藥科技有限公司是一家有著雄厚實力背景、信譽可靠、勵精圖治、展望未來、有夢想有目標,有組織有體系的公司,堅持于帶領員工在未來的道路上大放光明,攜手共畫藍圖,在上海市等地區的醫藥健康行業中積累了大批忠誠的客戶粉絲源,也收獲了良好的用戶口碑,為公司的發展奠定的良好的行業基礎,也希望未來公司能成為行業的翹楚,努力為行業領域的發展奉獻出自己的一份力量,我們相信精益求精的工作態度和不斷的完善創新理念以及自強不息,斗志昂揚的的企業精神將引領上海烈冰生物醫藥科技供應和您一起攜手步入輝煌,共創佳績,一直以來,公司貫徹執行科學管理、創新發展、誠實守信的方針,員工精誠努力,協同奮取,以品質、服務來贏得市場,我們一直在路上!

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