DNA甲基化作為表觀遺傳學研究的重要范疇，已經越來越受到研究者的關注。近些年來，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯合作用機制、RNA干擾機制及去甲基化機制的發現，使得DNA甲基化研究受到***關注，從醫學領域擴展到動植物研究當中，同時在研究方法上也取得了很大的突破。現在用于DNA甲基化檢測的方法大概有十多種，從應用上來分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測。下面，我們就這兩大類檢測技術進行分析比較，以便于在實際的科研工作中進行選擇。DNA甲基化是生物界神奇的“帽子”。北京hMeDIP-Seq技術服務

Hepatic

stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA

methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)

肝星狀細胞(HSC)是導致肝纖維化發生和進展的關鍵細胞類型。DNA羥甲基化與轉錄***有關，其模式在人類疾病中經常發生改變。研究者采用簡化基因組氧化-亞硫酸鹽測序(RRBS/oxRRBS)檢測靜止和******狀態的大鼠HSC細胞的5mC和5hmC水平，證實了5mC和5hmC在肝纖維化和HSC轉分化過程中的整體變化，表明DNA甲基化/羥甲基化是HSC***的關鍵步驟，可能會為支持纖維生成的分子事件帶來新的見解，并可能為疾病進展提供生物標志物以及潛在的新藥物靶點。 北京焦磷酸測序技術服務歡迎咨詢FFPE樣本只需要室溫運輸。

    RIP-seqRNAImmunoprecipitation是研究細胞內蛋白與RNA相互作用的技術，是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具，能更有效地發現miRNA的調節靶點。這種技術運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來，然后經過分離純化就可以對結合在復合物上的RNA進行測序分析。RIP可以看成是普遍使用的染色質免疫沉淀RIP技術的類似應用，但由于研究對象是RNA-蛋白復合物而不是DNA-蛋白復合物，因此RIP實驗的優化條件與ChIP實驗并不相同。RIP實驗下游結合二代測序技術稱為RIP-seq，通過高通量測序和分析，深度解析與目標蛋白相互結合的RNA的區域或種類和相互作用強弱。應用領域1.高效獲取蛋白所結合的RNA，在全轉錄組范圍得到與蛋白有相互作用的RNA，包括mRNA、lncRNA、circRNA、microRNA。2.準確獲取蛋白結合RNA的特征，通過RNA結合區域的富集得到蛋白結合的RNA位置。3.通過motif分析獲取蛋白結合序列的偏好性。技術優勢***的確定蛋白質在細胞自然狀態下與RNA結合的研究手段，可以有效的鑒定一個蛋白是否是RNA結合蛋白以及RNA結合蛋白與哪些RNA直接作用，并確定其結合位點。，得知相互作用RNA的類型。，可通過分析可得知與蛋白作用的RNA序列。

    甲基化是表觀修飾的重要部分，DNA甲基化可以引起DNA構象、穩定性及DNA與蛋白質相互作用方式的改變，從而影響基因表達。DNA鏈中含有很多CpG結構，雙鏈DNACpG中的胞嘧啶五位碳原子通常容易被甲基化，基因組中60~90%的CpG都被甲基化，未甲基化的CpG成簇出現在基因啟動子**序列或者轉錄起始位點。DNA甲基化轉移酶可以催化CpG的甲基化反應。DNA甲基化轉移酶有兩種，Dnmt1是一種持續性甲基化轉移酶，作用于只有一條鏈甲基化的DNA雙鏈，使其完全甲基化，參與DNA復制過程中新合成鏈的甲基化修飾；Dnmt3a/Dnmt3b是一種從頭甲基化轉移酶，可以在CpG上產生新的甲基化修飾，首先半甲基化，繼而全甲基化，該甲基化轉移酶可能參與細胞生長分化的調控，在**基因甲基化中起到重要作用。近年來CRISPR/Cas9技術得到快速發展，在基因切割活性失活的dCas9的5’端融合一個Dnmt3a，能夠通過dCas9介導特定位點的甲基化修飾，調控相關基因的表達。 全基因組甲基化測序是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序技術相結合。

    6mAIP-Seq送樣要求一、送樣類型基因組DNA、動植物組織(包含藻類等)二、保存方式基因組DNA、動植物組織(包含藻類)：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內)；保存期間避免反復凍融。三、運輸條件1、基因組DNA：冰袋或者干冰運輸；2、植物組織(包含藻類)：干冰運輸，順豐陸運（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；四、樣本量要求1、基因組DNA：不少于6ug1）提供樣本DNA完整性質檢結果，例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100電泳等；2）提取基因組DNA，要加RNA酶，去除RNA污染;3）提取基因組DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到純水；樣本體積不超過100ul;4）提供Qubit檢測濃度，基于OD值的檢測方法，例如NanoDrop,會嚴重高估濃度。2、植物組織(包含藻類)：1g以上;植物組織，不同組織，送樣量不同植物組織：從植物體上，取下新鮮組織，用清水將材料表面的灰塵或泥土沖洗干凈，吸干；取不少于1g葉片等組織，對于果實等含糖很高的組織，送樣前需要咨詢技術人員。3、動物組織：30mg以上用預冷的1×PBS溶液洗掉組織表面殘留的血液；取不少于30mg（1/2綠豆大小）組織塊，放置-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內)。 全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測。廣東6mA技術服務怎么樣

DNA甲基化作為表觀遺傳學研究的重要范疇。北京hMeDIP-Seq技術服務

GOS2基因靶向甲基化測序確定了一種快速復發、常規致死的腎上腺皮質*亞型

Targeted Assessment of G0S2

Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype

of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.

(IF= 10.199)

研究者分析了ACC-TCGA數據，在114例腎上腺皮質**的**隊列中鑒定了一個在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2，并通過高通量BSP得到驗證。G0S2基因CpG島高甲基化**預測不良臨床后果，是ACC快速復發或致死的標志。評估G0S2甲基化對臨床決策是直接可行的，并有助于對侵襲性ACC進行有效輔助***。 北京hMeDIP-Seq技術服務