雖然焦磷酸測(cè)序可以進(jìn)行單個(gè)位點(diǎn)甲基化程度的精確定量，但是目前來(lái)看，測(cè)序的片段長(zhǎng)度還比較短，只有一百多bp，其中有效長(zhǎng)度約為60bp。以上是對(duì)幾種常用的特異位點(diǎn)甲基化檢測(cè)方法進(jìn)行了介紹及比較，還有一些檢測(cè)技術(shù)是在常用的檢測(cè)手段上進(jìn)行優(yōu)化或者將不同的方法進(jìn)行結(jié)合應(yīng)用，比如以MSP方法為基礎(chǔ)，發(fā)展了SMART-MSP技術(shù)，該技術(shù)利用定量技術(shù)對(duì)MSP擴(kuò)增過(guò)程進(jìn)行檢測(cè)，同時(shí)后續(xù)結(jié)合HRM技術(shù)來(lái)分析甲基化差異。此外，利用質(zhì)譜平臺(tái)進(jìn)行甲基化檢測(cè)的有MALDI-TOF技術(shù)，可以對(duì)甲基化進(jìn)行精確檢測(cè)并能進(jìn)行高通量篩選。從對(duì)這些技術(shù)的比較分析來(lái)看，沒(méi)中檢測(cè)技術(shù)都有各自的優(yōu)點(diǎn)，并也存在一定的局限性，研究者可以根據(jù)自己的實(shí)際研究情況進(jìn)行選擇。在特異甲基化位點(diǎn)檢測(cè)上，能夠提供BSP、HRM及焦磷酸測(cè)序三種技術(shù)的完整的檢測(cè)服務(wù)，具有豐富的經(jīng)驗(yàn)，幫助客戶(hù)加速甲基化研究進(jìn)程。 不同的芯片平臺(tái)，各自的實(shí)驗(yàn)過(guò)程也是不一樣的。重慶MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富

    芯片平臺(tái)作為目前比較成熟的篩選工具，已經(jīng)在很多領(lǐng)域有了相應(yīng)的應(yīng)用。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應(yīng)的產(chǎn)品提供，其中應(yīng)用**為***的就Agilent平臺(tái)和Illumina平臺(tái)，相應(yīng)的產(chǎn)品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相應(yīng)的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經(jīng)停產(chǎn)。不同的芯片平臺(tái)，各自的實(shí)驗(yàn)過(guò)程也是不一樣的。安捷倫前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技術(shù)。將基因組DNA分成兩份，一份用來(lái)做MeDIP，另一份作為對(duì)照。兩個(gè)樣品都標(biāo)記熒光(富集的樣品用Cy5標(biāo)記，對(duì)照用Cy3標(biāo)記)，然后與芯片雜交。芯片上每個(gè)探針的Cy5/Cy3強(qiáng)度比例顯示出該區(qū)域的甲基化程度。 北京850K芯片技術(shù)服務(wù)售后服務(wù)焦磷酸測(cè)序能提供雜合子缺失及細(xì)菌和病毒分型等技術(shù)服務(wù)。

    DNA甲基化修飾類(lèi)型。5mc是表觀遺傳**重要的一種修飾，***存在于植物、動(dòng)物等真核生物基因組中，被譽(yù)為“第五堿基”；5hmc是***發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基，成為哺乳動(dòng)物的“第六堿基”；6mA在細(xì)菌、藻類(lèi)及動(dòng)植物基因組中存在。1992年，F(xiàn)rommeretal.將重亞硫酸鹽處理結(jié)合測(cè)序進(jìn)行DNA甲基化檢測(cè)。從此，BisulfiteSequencing（BS）成為金標(biāo)準(zhǔn)方案。其特點(diǎn)是：?jiǎn)螇A基分辨率；結(jié)合測(cè)序。甲基化5mc檢測(cè)的金標(biāo)準(zhǔn)——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化檢測(cè)**有力的工具。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,強(qiáng)化RRBS——高性?xún)r(jià)比DNA甲基化檢測(cè)方案。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目標(biāo)位點(diǎn)/基因甲基化驗(yàn)證方案。

GOS2基因靶向甲基化測(cè)序確定了一種快速?gòu)?fù)發(fā)、常規(guī)致死的腎上腺皮質(zhì)*亞型

Targeted Assessment of G0S2

Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype

of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.

(IF= 10.199)

研究者分析了ACC-TCGA數(shù)據(jù)，在114例腎上腺皮質(zhì)**的**隊(duì)列中鑒定了一個(gè)在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2，并通過(guò)高通量BSP得到驗(yàn)證。G0S2基因CpG島高甲基化**預(yù)測(cè)不良臨床后果，是ACC快速?gòu)?fù)發(fā)或致死的標(biāo)志。評(píng)估G0S2甲基化對(duì)臨床決策是直接可行的，并有助于對(duì)侵襲性ACC進(jìn)行有效輔助***。 全基因組甲基化分析及特異位點(diǎn)甲基化檢測(cè)。

微生物定植對(duì)腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表

Early microbial colonization

affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism

in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)

我們以早產(chǎn)幼豬為模型，采用RRBS測(cè)序，比較正常(CON,

n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細(xì)菌密度及多樣性，同時(shí)改變了DNA甲基化水平。其中與先天免疫應(yīng)答、吞噬、內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異。這種有賴(lài)腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調(diào)控腸道免疫及營(yíng)養(yǎng)代謝等，可能對(duì)早產(chǎn)兒的短期和長(zhǎng)期的腸道健康至關(guān)重要。 通過(guò)甲基化數(shù)據(jù)與耐藥基因Panel數(shù)據(jù)聯(lián)合分析。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)服務(wù)活動(dòng)

基因組DNA冰袋或者干冰運(yùn)輸。重慶MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富

    6mAIP-Seq送樣要求一、送樣類(lèi)型基因組DNA、動(dòng)植物組織(包含藻類(lèi)等)二、保存方式基因組DNA、動(dòng)植物組織(包含藻類(lèi))：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以?xún)?nèi))；保存期間避免反復(fù)凍融。三、運(yùn)輸條件1、基因組DNA：冰袋或者干冰運(yùn)輸；2、植物組織(包含藻類(lèi))：干冰運(yùn)輸，順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；四、樣本量要求1、基因組DNA：不少于6ug1）提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果，例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100電泳等；2）提取基因組DNA，要加RNA酶，去除RNA污染;3）提取基因組DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到純水；樣本體積不超過(guò)100ul;4）提供Qubit檢測(cè)濃度，基于OD值的檢測(cè)方法，例如NanoDrop,會(huì)嚴(yán)重高估濃度。2、植物組織(包含藻類(lèi))：1g以上;植物組織，不同組織，送樣量不同植物組織：從植物體上，取下新鮮組織，用清水將材料表面的灰塵或泥土沖洗干凈，吸干；取不少于1g葉片等組織，對(duì)于果實(shí)等含糖很高的組織，送樣前需要咨詢(xún)技術(shù)人員。3、動(dòng)物組織：30mg以上用預(yù)冷的1×PBS溶液洗掉組織表面殘留的血液；取不少于30mg（1/2綠豆大小）組織塊，放置-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以?xún)?nèi))。 重慶MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富