三種五味子科葉綠體基因組編碼113個獨特基因，包括79個蛋白質編碼基因，30個tRNA基因和4個rRNA基因。其中，4個蛋白質編碼基因，4個rRNA基因和5個tRNA基因在IR區域中重復；18個基因含有內含子，clpP和ycf3含有兩個內含子；rps12中存在反式剪接，其中5'末端位于LSC區域中，并且重復的3'末端位于IR區域中；matK基因trnK-UUU內部。SSR是葉綠體基因組中經常觀察到的1-6bp重復類型，可用于基因組多態性以及物種的群體遺傳學研究。研究人員鑒定到**豐富的SSR是A或T單核苷酸重復序列，分別占南五味子、五味子和八角茴香總SSR的約％，％和69％，而G或C重復罕見。此外，南五味子、五味子和八角茴香SSR的大多數SSR位于LSC區域，其次是SSC區域和IR區域。 云生物小基因組測序可進行測序組裝。青海系統進化小基因組測序售后分析

1.測序數據概況

(1) 原始測序數據說明

(2) 測序數據質控及統計

(3) 三代測序數據統計

2.基因組組裝

3. 基因組組分分析

(1) 編碼基因分析

(2) ORFs掃描及跨膜結構預測

(3) 非編碼RNA分析

4. 基因功能注釋

 基因組圈圖

高級分析：

比較基因組分析

1.SNP檢測與注釋

2.Indel檢測與注釋

3.SV檢測

4.基因組共線性分析

5.線粒體與葉綠體基因組片段交流分析

6.共有和特有基因分析

7.系統進化分析、選擇壓力分析

定制化生信分析

1.密碼子偏好性分析

2.長重復序列Long repeat分析

3.簡單重復序列SSR分析

4.基因表達量及表達差異分析（可由客戶提供RNAseq） 廣東地理譜系遺傳小基因組測序售后分析小基因組測序DNA質檢需要多久？

基因組組裝：首先，利用ABySS v2.0.2初步組裝Illumina測序數據，然后利用blasR比對Pacbio三代數據，根據比對結果對單分子測序數據進行一次矯正與糾錯，目的在于減少單分子長序列中單堿基、插入缺失的錯誤；***利用糾正過的單分子測序數據與二代數據進行混合組裝，使用的軟件是SPAdes-3.10.1；挑選覆蓋深度足夠高且組裝長度較長的序列作為候選序列，比對NT庫確認；***再次利用Illumina數據進行校驗，得到**終的組裝結果。基因組組分分析：通過多種方法對編碼基因、非編碼RNA等進行預測，獲取測序樣本基因組的組成情況。

    Swiss-Prot是一個精選的蛋白質序列數據庫，它努力提供一個高水平的注釋（例如一個蛋白質功能、其域結構、翻譯后修飾、變異等的描述），一個比較低水平的冗余及與其他數據庫的高水平的整合。數據庫的***進展包括：在模式生物的數目和范圍上的一個增長；兩個附加的數據庫的交叉引用；多種新的文檔文件和TrEMBL的創建，對Swiss-Prot的一個計算機注釋的補充。這個補充以類Swiss-Prot的格式，由來源于EMBL核酸序列數據庫中的所有編碼序列（codingsequences，CDS）翻譯的條目組成，而把已經包含在Swiss-Prot中的CDS除外。詳見。其中eggNOG、GO、KEGG數據庫都把功能按不同等級進行分類，通過功能注釋，可根據數據庫的分類信息對樣品的基因功能進行歸類。 云生物提供SSR分類統計分析。

采樣步驟

1. 建議取樣，植物綠色組織部分（葉片等）。

2. 取樣前建議光照6h 以上，使樣本中合成大量葉綠體，再進行取樣。建議5g 以上綠色組織樣本（葉片等），可多采集一些留做備份樣本。

3. 取樣后，樣本用錫箔紙包裹（或凍存管盛放），迅速過液氮速凍，轉移至-80℃冰箱內凍存。

4. 干冰運輸。干冰用量建議以3kg/day 計算。一般建議10kg 起。

植物線粒體樣本采集操作指南：

采樣步驟

1. 建議取樣：推薦植物愈傷組織

無法培養愈傷組織的，可采用白化苗（葉綠體含量極低的組織）

2. 愈傷組織取樣5g 以上樣本；

3. 無法培養愈傷組織的植株，可進行暗培養，建議取樣前植株避光培養一周，獲得白化苗，取白化苗組織5g 以上（葉片等），可多采集一些留做備份樣本。

4. 取樣后，樣本用錫箔紙包裹（或凍存管盛放），迅速過液氮速凍，轉移至-80℃冰箱內凍存。

5. 干冰運輸。干冰用量建議以3kg/day 計算。一般建議10kg 起。

小基因組測序高級分析包括哪些？湖北細胞質遺傳小基因組測序報價

云生物提供比較基因組共線性分析。青海系統進化小基因組測序售后分析

    物種進化分析：系統發生樹（英文：phylogenetictree或evolutionarytree）被認為具有共同祖先的各物種間演化關系的樹，它用來表示系統發生研究的結果，用它描述物種之間的進化關系。構建系統發生樹的方法有：基于樣品與參考基因組的群體SNP矩陣構建進化樹：對于每一個樣本，按照相同順序將所有SNP相連，獲得相同長度的fasta格式的序列（其中一個為參考序列），作為輸入文件用于進化樹構建。基于Core基因構建進化樹：對Core-Pan分析的結果中鑒定出來的單拷貝Core基因結果，利用了MUSCLE。當樣本個數大于3時，采用ML法（MaximumLikelihood比較大似然法）構建進化樹，使用軟件是PhyML（），并用bayes校正；當樣本個數不超過3時，采用NJ法（Neighbor-Joining鄰接法）構建進化樹，使用軟件是TreeBeST；bootstrap為100。 青海系統進化小基因組測序售后分析