微生物定植對腸道免疫和代謝相關基因DNA甲基化的影響——團隊成員發表

Early microbial colonization

affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism

in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)

我們以早產幼豬為模型，采用RRBS測序，比較正常(CON,

n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產豬的腸道DNA甲基化差異，發現***減少了細菌密度及多樣性，同時改變了DNA甲基化水平。其中與先天免疫應答、吞噬、內皮穩態和組織代謝等相關基因的DNA甲基化和表達存在***的差異。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調控腸道免疫及營養代謝等，可能對早產兒的短期和長期的腸道健康至關重要。 芯片數據如何與二代、三代數據整合。cfDNA甲基化技術服務服務

    全基因組甲基化測序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序技術相結合，對有參考基因組進行全基因組范圍的單堿基分辨率的甲基化測序，是DNA甲基化檢測的“金標準”。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關聯分析、基因調控分析、疾病的甲基化標志物篩選等探索性課題的研究。技術優勢DNA甲基化檢測**有力的工具單堿基分辨率，檢測每個C堿基的甲基化狀態全基因組范圍，**限度地獲得甲基化信息適合所有有參考基因組的物種適合各種類型的樣本樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測序深度：>=30X信息分析基于全基因組范圍的甲基化分析，數據質控，5mCCalling，5mC在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本甲基化差異聚類，差異甲基化DMR鑒定及相關基因的功能分析，結合項目背景和科學問題的數據亮點挖掘。 cfDNA甲基化技術服務服務羥甲基化DNA免疫沉淀測序是通過5hmC特異性抗體富集結合高通量測序技術。

    N6-甲基脫氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一，在細菌、藻類及植物基因組中***存在，在DNA錯配修復、染色體分離和毒力調節中發揮作用。6mA免疫沉淀測序(6mA-IPSeq)通過特異性抗體富集6mA甲基化的DN**段，然后結合高通量測序技術在全基因組水平上以較小的數據量，快速、高效地尋找6mA甲基化區域。技術優勢全基因組范圍鑒定6mA甲基化修飾區域技術方法適合所有物種(一般推薦藻類及植物)科學方案設計從項目背景了解、協助方案設計、實驗材料選取、建庫測序，到數據分析每個項目有特定的科學問題；需要專業、有價值的建議；科學、縝密的設計及時高效的溝通；以保障高質量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150。

    焦磷酸測序(Pyrosequencing)隨著技術的不斷改進，現在認為焦磷酸測序技術（Pyrosequencing）是甲基化檢測新的金標準。焦磷酸測序作為一種新的序列分析技術，能夠快速地檢測甲基化的頻率，對樣品中的甲基化位點進行定性及定量檢測，為甲基化研究提供了新的途徑。在序列延伸過程中，根據C和T的摻入量來定量確定單個位點的C-T比例。因此，不同位點的甲基化變異就能被準確檢測，并給出精確的甲基化程度的數據。QIAGEN公司在焦磷酸測序的應用上具有明顯的優勢，目前提供三種焦磷酸測序儀器，通量由低到高，適合不同的應用。PyroMarkQ24的強項在于可對多達24個樣品進行焦磷酸測序。需要大樣品量的應用更適合在PyroMarkQ96ID上進行。在考慮到處理成百上千個樣品所需的大量試劑時，運行通量**化可能會使實驗成本變得很高。而PyroMarkQ96MD裝有一臺高度靈敏的光檢測攝像頭，可以在減少試劑量的情況下對少量的DNA模板進行準確測序。這些不同平臺的推出，對于我們實際研究提供了更有效的檢測手段。 高通量BSP測序結果多種展示形式。

    **預防和***的一個手段是通過去甲基化恢復某些關鍵的抑*基因或DNA修復基因的活性，目前研究**多的是DNMTs***劑，它通過***DNMT活性以逆轉異常的DNA甲基化。**個表型修飾藥物為5-azacytidine及其類似物5-aza-2'-deoxycytidine（5-aza-CdR），這類藥物已經美國FDA批準用于白血病前骨髓增生異常綜合征的***。5-aza-CdR是胞嘧啶的類似物，在DNA復制過程中可以摻入到DNA鏈中，一方面它可以降低DNA接收甲基的能力，另一方面它***DNMT活性，導致DNA甲基化水平的降低。體外和體內試驗均表明，5-aza-CdR具有降低超甲基化的抑*基因甲基化水平從而*****的能力，臨床表明應用5-aza-CdR可提高部分IV期小細胞肺*患者生存率，但該藥也存在著不可忽視的毒副作用（如特異性不強，不能針對某一特定抑*基因進行靶向***；高劑量的5-aza-CdR可能誘發**的轉移），因此其在臨床上的應用受到了很大限制。也有研究表明，低劑量的As2O3可起到***肝*的目的。 850K芯片為半金標準，價格低，分析簡單，較為適合EWAS類型的課題。cfDNA甲基化技術服務服務

WGBS和RRBS都是金標準技術, CNS發表文章都很多，廣發被接受。cfDNA甲基化技術服務服務

血清甲基化用于乳腺*轉移早期篩查

Methylation patterns in serum

DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome

Med. 2017;22;9(1):115. (IF=

8.898)

本課題通過RRBS甲基化測序篩選組織(n=31)樣本, 確定了18個乳腺*特異性甲基化位點，選擇其中6個位點在大樣本量血清樣本(n=110)中得到進一步驗證; 并通過更大量血清樣本(n=1344), **終篩選出血清EFC#93甲基化位點為早期診斷和***轉移性乳腺*Biomarker。 cfDNA甲基化技術服務服務