物種的DNA甲基化率通常與物種基因組大小成正比。從細菌的數千個基因進化到高等動物的數萬個基因，基因數增長的一個數量級。要管好這么多的基因，在漫長的一生中有規律地關閉或打開基因表達，DNA甲基化這個開關對高等動植物必不可少。轉座子是一類在基因組上可以自主復制（或剪切）和移動的**功能元件。如果它們隨意移動，對基因組的穩定性具有破壞作用。DNA甲基化對轉座子的移動具有抑制作用。通常，物種的基因組越大，其基因組中轉座子的比例越高，那么限制轉座子移動的門神——DNA甲基化的比例就越高。DNA復制后胞嘧啶的甲基化會改變DNA的構象，使DNA的大溝無法與DNA結合蛋白正常結合。河南全基因組甲基化重測序準確度高

DNA甲基化能引起染色質結構、DNA構象、DNA穩定性及DNA與蛋白質相互作用方式的改變，從而控制基因+表達。在甲基轉移酶的催化下，DNA的CG兩個核苷酸的胞嘧啶被選擇性地添加甲基，形成5－甲基胞嘧啶，這常見于基因的5'-CG-3'序列。大多數脊椎動物基因組DNA都有少量的甲基化胞嘧啶，主要集中在基因5’端的非編碼區，并成簇存在。甲基化位點可隨DNA的復制而遺傳，因為DNA復制后，甲基化酶可將新合成的未甲基化的位點進行甲基化。DNA的甲基化可引起基因的失活。目標區段甲基化重測序報告DNA甲基化是指針對DNA序列上的CpG島，由甲基化轉移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉移給胞嘧啶。

DNA甲基化主要形成5－甲基胞嘧啶（5-mC）和少量的N6-甲基嘌呤（N6-mA）及7－甲基鳥嘌呤（7-mG）。結構基因含有很多CPG結構, 2CPG 和2GPC 中兩個胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且兩個甲基集團在DNA 雙鏈大溝中呈特定三維結構。基因組中60%～ 90% 的CPG 都被甲基化, 未甲基化的CPG 成簇地組成CPG 島,位于結構基因啟動子的core序列和轉錄起始點。有實驗證明超甲基化阻遏轉錄的進行。DNA 甲基化可引起基因組中相應區域染色質結構變化, 使DNA 失去核酶ö限制性內切酶的切割位點, 以及DNA 酶的敏感位點, 使染色質高度螺旋化, 凝縮成團, 失去轉錄活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導致基因置換突變, 發生堿基錯配: T2G, 如果在細胞分裂過程中不被糾正,就會誘發遺傳病或cancer, 而且, 生物體甲基化的方式是穩定的, 可遺傳的。

DNA甲基化可以抑制基因表達。其機制是當DNA甲基化出現在啟動子區，其會強化啟動子序列的異染色質化（染色體擰巴在一起），而使轉錄起始復合物無法接近和結合，從而強化基因的轉錄抑制。只有保持開放性常染色質狀態的轉錄起始位點，才能保證轉錄起始蛋白復合物可接近并結合這個區域，從而保證基因的轉錄表達。當DNA甲基化出現在編碼基因不同區域的時候（上游，基因區或下游），其對基因表達的影響也是不同的。同時，DNA甲基化不僅只影響基因轉錄，實際上其與組蛋白修飾、DNA突變、小RNA表達等都有非常復雜的相互調控作用。DNA甲基化是指在甲基轉移酶的催化下，DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基，形成5-甲基胞嘧啶。

在表觀遺傳中，DNA甲基化修飾具有非常重要的地位。其中胞嘧啶雜環5號位的甲基化修飾，又稱作5-甲基胞嘧啶（5mC），是**常見的甲基化修飾方式，也是迄今為止研究**為普遍的DNA甲基化修飾方式。一般認為當DNA甲基化出現在基因啟動子區，就會抑制基因轉錄，從而起到負調控的作用。DNA甲基化的形成機制，包括從頭合成（de novo），甲基化的維持（Maintenance）和去甲基化（Demethylation），這些過程分別由不同的基因和通路調控。這些基因和通路在動植物中即保守，又有所區別。DNA甲基化幾乎只存在于CpG二核苷酸上，是一個關鍵的表觀遺傳標記和基因表達調控因子。河南全基因組甲基化重測序準確度高

DNA甲基化主要發生在CpG位點。在哺乳動物中，70%到80%的CpG位點的胞嘧啶是甲基化的。河南全基因組甲基化重測序準確度高

上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽（bisulfite）處理，用多重PCR擴增目的片段，添加barcode和測序通用接頭，在Illumina X10二代測序平臺對PCR產物進行高通量測序，利用生物信息學方法，精確定量計算目標區間內的甲基化位點的甲基化狀態，在完成目標區域檢測的同時大幅降低研究費用。Hi-MethylSeq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術，可實現多區段、多位點的甲基化精確定量分析。本方法適用于感興趣的目的片段的甲基化研究，在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。重亞硫酸鹽處理是甲基化分析中基因組DNA處理的金標準，是一個化學過程，可造成DNA的損傷，很難同時實現100%的轉換效率和保持DNA的完整性，二者需要做出一定的平衡。Hi-MethylSeq在CpG島之外選取3段內參序列中的C作為內對照，準確評估樣本的轉化率。河南全基因組甲基化重測序準確度高

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