競爭性等位基因特異性PCR法——KASP(KompetitiveAlleleSpecificPCR),是英國LGC(**化學家實驗室)公司所開發的技術,被比較常見用于少位點,多樣本的SNP分型中,與TaqMan熒光探針法有一定相似性。KASP基于引物末端堿基的特異匹配來對SNP分型以及檢測InDels(Insertions and Deletions,插入和缺失)。上海翼和應用生物技術有限公司,微信公眾號:上海翼和生物。 總公司地址位于:上海市松江區龍騰路1015弄中星創意園2號502、508 ,此外,無錫設有分公司SNP對于樣本量,我們是比較有優勢的,人口基數大,有大量的病例資源。山東STR/SSRSNP分型報告
2.SNaPshot法該技術由美國應用生物公司(ABI)開發,是基于熒光標記單堿基延伸原理的分型技術,也稱小測序,主要針對中等通量的SNP分型項目。在一個含有測序酶、四種熒光標記ddNTP、緊臨多態位點5’-端的不同長度延伸引物和PCR產物模板的反應體系中,引物延伸一個堿基即終止,經ABI測序儀檢測后,根據峰的移動位置確定該延伸產物對應的SNP位點,根據峰的顏色可得知摻入的堿基種類,從而確定該樣本的基因型。對于PCR產物模板可通過多重PCR反應體系來獲得。通常用于10-30個SNP位點分析。安徽微衛星標記SNP分型分析單核苷酸多態性(SNP),主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態。
理論上講,SNP既可能是二等位多態性,也可能是3個或4個等位多態性,但實際上,后兩者非常少見,幾乎可以忽略。因此,通常所說的SNP都是二等位多態性的。這種變異可能是轉換(CT,在其互補鏈上則為GA),也可能是顛換(CA,GT,CG,AT)。轉換的發生率總是明顯高于其它幾種變異,具有轉換型變異的SNP約占2/3,其它幾種變異的發生幾率相似。Wang等的研究也證明了這一點。轉換的幾率之所以高,可能是因為CpG二核苷酸上的胞嘧啶殘基是人類基因組中,易發生突變的位點,其中大多數是甲基化的,可自發地脫去氨基而形成胸腺嘧啶。在基因組DNA中,任何堿基均有可能發生變異,因此SNP既有可能在基因序列內,也有可能在基因以外的非編碼序列上。總的來說,位于編碼區內的SNP(codingSNP,cSNP)比較少,因為在外顯子內,其變異率及周圍序列的1/5.但它在遺傳性疾病研究中卻具有重要意義,因此cSNP的研究更受關注。
TaqMan熒光探針是一種寡核苷酸探針,熒光基團連接在探針的5’末端,而淬滅劑則在3’末端。在PCR反應體系中加入2種不同熒光標記的探針,它們可以分別與2個等位基因完全配對。正常情況下,由于探針5’端熒光基團和3’端淬滅基團緊鄰在一起,熒光被淬滅。隨著PCR有效的進行,與模板完全配對的探針逐步被TaqDNA聚合酶5’——3’外切酶活性切割,致使探針5’端熒光基團和3’端淬滅基團分離,淬滅效應解除,報告熒光基團被,檢測到熒光信號,相反,如果模板不能完全配對的探針(另一種等位基因)不能被有效切割,因此檢測不到熒光信號,從而實現SNP位點的分型檢測。主要特點是準確性高、靈活性強、通量大,主要方法是TaqMan探針法。
單核苷酸多態性(singlenucleotidepolymorphism,SNP),主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。它是人類可遺傳的變異中,常見的一種。占所有已知多態性的90%以上。SNP在人類基因組中比較常見存在,平均每500~1000個堿基對中就有1個,估計其總數可達300萬個甚至更多。SNP所表現的多態性只涉及到單個堿基的變異,這種變異可由單個堿基的轉換(transition)或顛換(transversion)所引起,也可由堿基的插入或缺失所致。但通常所說的SNP并不包括后兩種情況。也可由堿基的插入或缺失所致。但通常所說的SNP并不包括后兩種情況。杭州微衛星標記SNP分型售后服務周到
但是只要這個突變群沒有達到總群體的1%,它就只是一個突變株/系。達到了1%就是多態性了。山東STR/SSRSNP分型報告
4.MassArray法MassARRAY分子量陣列技術是Sequenom公司推出的世界上靠前的基因分析工具,通過引物延伸或切割反應與靈敏、可靠的MALDI-TOF-MS技術相結合,實現基因分型檢測。基于MassARRAY平臺的iPLEXGOLD技術可以設計,高達40重的PCR反應和基因型檢測,實驗設計靈活,分型結果準確性高。根據應用需要,對數十到數百個SNP位點進行數百至數千份樣本檢測時,MassARRAY具有,佳的性價比,特別適合于對全基因組研究發現的結果進行驗證,或者是有限數量的研究位點已經確定的情況。山東STR/SSRSNP分型報告
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