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目標甲基化重測序機構

來源: 發布時間:2021-10-09

Hi-Methylseq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現多區段、多位點的甲基化精確定量分析,適用于感興趣的目的片段的甲基化研究和在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。采用翼和自主知識產權的多重PCR捕獲技術,確保目的片段有效富集,經亞硫酸氫鹽處理后,DNA序列復雜度嚴重降低,嚴格控制建庫PCR的循環數,降低非特異性擴增,通過將參考序列中的C堿基全部替換為T堿基,然后將測序reads比對到轉換后的參考序列上,針對每一個CpG位點,統計C和T堿基的讀數(類似于SNP calling),來判斷該位點的甲基化。機體細胞在經歷脅迫、創傷等環境變化后,會產生特定的應答,并往往會用DNA甲基化記錄在DNA修飾中。目標甲基化重測序機構

5甲基胞嘧啶 (5-methylcytosine, 5mC) 是一種常見的DNA修飾類型,能調節基因表達、轉座子及染色體的狀態等。全基因組重亞硫酸鹽轉化的WGBS法,能夠實現單堿基分辨率的甲基化位點準確、高效定位。通過***分析不同處理方式下的全基因組甲基化水平,快速準確鑒定出差異甲基化區域,有助于我們更加***深入地了解動、植物的甲基化模式和表觀調控機制,在動物行為、植物脅迫、植物性狀、胚胎發育、cancer疾病、生物標記物等方面具有普遍的應用。北京目標區段甲基化重測序哪里做DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區,DNA高度甲基化首先會影響DNA結構,引起基因沉默。

DNA甲基化過程在一些生物學現象中起重要作用。例如,在原核生物中,它參與毒力、細胞周期調控、基因表達和對外源 DNA 導入的保護(DNA-宿主特異性)等過程。在高等真核生物中,DNA 甲基化參與調控染色體穩定性、印記、X 染色體失活和cancer 變等多個細胞過程。在哺乳動物中,DNA 甲基化主要發生在胞嘧啶堿基的第五個碳原子上,形成 5-甲基胞嘧啶或 5-甲基胞嘧啶核苷 (5-mC)。DNA甲基化幾乎只存在于CpG二核苷酸上,是一個關鍵的表觀遺傳標記和基因表達調控因子?;騿幼踊?CpG 島處的甲基化 CpG 簇與基因失活有關。DNA 甲基化由一個被稱為 DNA 甲基轉移酶并包括 DNMT1、DNMT3a 和 DNMT3b 的酶家族催化。DNMT3a 和 DNMT3b是從頭合成的甲基轉移酶,能夠甲基化之前未甲基化的 CpG二核苷酸。相反,DNMT1是一種維持性甲基轉移酶,在復制過程中修飾半甲基化的 DNA。

DNA甲基化是表觀遺傳調控的常見機制。啟動子區域的高度甲基化可導致基因表達改變。甲基化多發生于胞嘧啶(cytosine, C)位置。在細胞和組織分化、疾病發生以及適應環境等過程中,甲基化狀態可發生改變。高精確度全基因組甲基化修飾狀態的分析,將為發育、育種、tumour標志物鑒定或藥物靶標尋找等研究奠定基礎。全基因組甲基化測序結合了亞硫酸氫鹽轉化(bisulfite conversion)方法與新一代高通量測序技術,可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉化成胸腺嘧啶。對PCR產物進行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發生甲基化。DNA甲基化主要發生在CpG位點。在哺乳動物中,70%到80%的CpG位點的胞嘧啶是甲基化的。

DNA 甲基化是早發現的基因表觀修飾方式之一,可能存在于所有高等生物中。DNA 甲基化能關閉某些基因的活性,去甲基化則誘導了基因的重新活化和表達。甲基化的主要形式有5-甲基胞嘧啶,N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鳥嘌呤。原核生物中CCA/TGG和GATC常被甲基化,而真核生物中甲基化發生于胞嘧啶。DNA 的甲基化是在DNA 甲基化轉移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶轉變為5'甲基胞嘧啶。這種DNA 修飾方式并沒有改變基因序列,但是它調控了基因的表達。WGBS的流程與全基因組DNA測序主要區別于DNA文庫的構建。安徽目標位點甲基化重測序哪里好

DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,是由DNA甲基轉移酶催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine)作為甲基供體.目標甲基化重測序機構

亞硫酸氫鹽測序法用亞硫酸氫鈉對 DNA 進行化學處理會使甲基化特異性序列變異,從而可以通過NGS進行定位和量化,主要的DNA甲基化數據分析流程:獲得DNA甲基化數據之后,首先,需要對數據進行處理和質量的基本控制,包括原始測序和芯片數據的讀取、轉換到產生準確的DNA甲基化圖譜;其次,需要對DNA甲基化位點的結果進行可視化,并且利用統計學方法鑒定樣本特異性差異的DNA甲基化位點;第三,驗證 DNA 甲基化差異位點,并且對其進行生物學解釋。目標甲基化重測序機構

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