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北京亞硫酸鹽甲基化重測序機構

來源: 發布時間:2021-10-11

全基因組重亞硫酸鹽甲基化測序(WGBS)可以在全基因組范圍內精確的檢測所有單個胞嘧啶堿基(C堿基)的甲基化水平,是DNA甲基化研究的金標準。WGBS能為基因組DNA甲基化修飾的研究提供重要技術支持,能廣泛應用在個體發育、衰老和cancer發生等生命過程的機制研究中。其原理是用 Bisulfite 處理DNA序列,首先將基因組中未發生甲基化的 C 堿基轉換成U(T),從而與原本具有甲基化修飾的堿基C區分開來,然后進行PCR擴增,結合高通量測序技術,適用于全基因組范圍內繪制單堿基分辨率的DNA 甲基化圖譜。DNA甲基化測序可在全基因組水平上比較大限度的、完整的獲取甲基化狀態信息和與基因表達調控的多重關系.北京亞硫酸鹽甲基化重測序機構

DNA甲基化過程在一些生物學現象中起重要作用。例如,在原核生物中,它參與毒力、細胞周期調控、基因表達和對外源 DNA 導入的保護(DNA-宿主特異性)等過程。在高等真核生物中,DNA 甲基化參與調控染色體穩定性、印記、X 染色體失活和cancer 變等多個細胞過程。在哺乳動物中,DNA 甲基化主要發生在胞嘧啶堿基的第五個碳原子上,形成 5-甲基胞嘧啶或 5-甲基胞嘧啶核苷 (5-mC)。DNA甲基化幾乎只存在于CpG二核苷酸上,是一個關鍵的表觀遺傳標記和基因表達調控因子。基因啟動子或 CpG 島處的甲基化 CpG 簇與基因失活有關。DNA 甲基化由一個被稱為 DNA 甲基轉移酶并包括 DNMT1、DNMT3a 和 DNMT3b 的酶家族催化。DNMT3a 和 DNMT3b是從頭合成的甲基轉移酶,能夠甲基化之前未甲基化的 CpG二核苷酸。相反,DNMT1是一種維持性甲基轉移酶,在復制過程中修飾半甲基化的 DNA。天津全基因組甲基化重測序哪里好Hi-Methylseq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現 多區段、多位點的甲基化精確定量分析。

DNA甲基化是研究 為普遍的表觀遺傳修飾,它被認為在許多生物學過程和疾病中有著重要的作用。隨著測序技術的快速發展,二代測序與重亞硫酸鹽處理基因組DNA相結合產生了可以在全基因組單堿基水平上測量DNA甲基化水平的全基因組重亞硫酸鹽測序(whole-genome bisulfite sequencing,WGBS)技術。WGBS的流程與全基因組DNA測序主要區別于DNA文庫的構建。以MethlyC-seq為例,將DNA 段化后收集特定長度的片段并修復DNA末端,再將雙端加上3′-dAMP然后連接上甲基化的接頭,接著用重亞硫酸鹽處理DNA使未甲基化的胞嘧啶(C)轉化為尿嘧啶(U), 終進行低循環數的PCR擴增后完成建庫,建庫完后上機測序,得到原始數據(fastq文件)后,完成一定的質量控制后就可以進行mapping分析。

DNA甲基化是指在DNA甲基轉移酶的作用下,使胞嘧啶的5位碳原子發生甲基化的生物化學過程。DNA胞嘧啶甲基化是一種穩定的表觀遺傳學標記,在調控特定基因表達、轉座子沉默、基因印記、X染色體失活以及基因組穩定性等多種生物學過程中發揮著重要作用。在動物中,DNA甲基化主要發生在CpG二核苷酸的背景下,約為70-80%的DNA甲基化。然而,剩余未發生甲基化的CpG位點則主要密集分布于基因的啟動子區域和the first exon region,被稱為CpG島(CpG island),在基因表達的調控和基因突變上都可能發揮著重要作用。DNA甲基化主要發生在CpG位點。在哺乳動物中,70%到80%的CpG位點的胞嘧啶是甲基化的。

全基因組甲基化測序結合了亞硫酸氫鹽轉化(bisulfiteconversion)方法與新一代高通量測序技術,可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉化成胸腺嘧啶。對PCR產物進行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發生甲基化。上海翼和生物是上海市遺傳學會理事單位,上海市****,至今已有16年的歷史。DNA甲基化在DNA復制起始、錯配修復以及轉座子的失活等過程中對維持遺傳信息的穩定性發揮著重要的作用。南京甲基化重測序哪個公司做

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真核生物基因表達受多種機制、多層面的綜合調控。基因的DNA序列不發生改變的情況下,基因的表達水平與功能發生改變,并可遺傳現象,稱為表觀遺傳(epigenetic)現象。DNA甲基化是指在甲基轉移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,常見于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區,DNA高度甲基化首先會影響DNA結構,進而阻遏基因轉錄,引起基因沉默。人體內,DNA甲基轉移酶主要有四種:DNMT1、DNMT3A、DNMT3B和DNMT3L。在DNA復制完成后,DNMT1是催化甲基轉移至新合成的DNA鏈上,這一現象稱為維持甲基化;DNMT3A和DNMT3B負責催化核酸鏈上新的甲基化位點發生反應,成為形成甲基化;DNMT3L不具有甲級轉移酶活性,其主要作用是調節其他甲基轉移酶的活性。真核細胞內甲基化狀態有3種:持續的低甲基化狀態(如持家基因的甲基化)、誘導的去甲基化狀態(如一些發育階段特異性基因的修飾)和高度甲基化狀態(如人類女性細胞內縊縮-失活的X染色體的甲基化)。北京亞硫酸鹽甲基化重測序機構

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