在基因工程中,質粒的拷貝數應該怎么理解?為什么構建載體時要選擇高拷貝數的質粒載體?把細胞當做工廠,質粒就是廠房里的流水線,拷貝數就流水線的數量在理想狀態下,選擇盡量多的流水線,這樣能得到的產品多,這是很自然的選擇實際上,高拷貝也有它的問題,當流水線多到一定程度,決定產量就不只是流水線的多寡,工人的工作效率,也就是轉錄翻譯水平,也會影響到較終的產量此外,過多的流水線帶來放不下的情況,工廠沒那么大地方,原材料供應不上,吃不消,也會影響到工廠正常運轉所以,拷貝數只是一個方面,構建載體要綜合考慮各方面及實際用途。有時低拷貝質粒滲漏表達,反而有奇效。載體拷貝數計算公式:copies/ml(拷貝數)=(6.02 x 10(23)次拷貝數/摩爾) x (濃度) / (MW g/mol)。上海CAR-T載體拷貝數方法
用低拷貝質粒作表達載體有什么好處?因為高拷貝質粒穩定性低,而且給宿主細胞的壓力大。低拷貝數的質粒DNA在宿主細胞分裂前只能復制1~2次,而多拷貝數質粒可以在細胞分裂前復制成10~200拷貝。高拷貝數的質粒稱為松弛型質粒(relaxedplasmid),單獨于細菌細胞而自主復制;低拷貝數的質粒一般是嚴緊型質粒(stringentplasmid),它們的復制隨細菌染色體的復制同步進行。一般來說,外源基因的表達量隨拷貝數的增加而提高,但是當拷貝數很大時,拷貝數與發酵目標產物產率的這種關系卻不存在。上海CAR-T載體拷貝數方法載體拷貝數低和高有什么不同?
在細菌細胞中,某種特定基因的數目。一般檢測方法有若是測序結果,可選用censor軟件檢測相關拷貝數。Southernblot是一種常用的DNA定量的分子生物學方法。其原理是將待測的DNA樣品固定在固相載體(硝酸纖維膜或尼龍膜)上,與標記的核酸探針進行雜交,在與探針有同源序列的固相DNA的位置上顯示出雜交信號,通過檢測信號的有無、強弱可以對樣品定性、定量,從而計算出轉入的拷貝數。Southern法準確性高、特異性強,但存在費時費力的缺點。另外,由于 Southern 法檢測不經過靶片段的擴增( PCR ),一般每個電泳通道需要 10-30 μ g 的 DNA ,在實際操作中就需要較大量的植物材料來提取 DNA ,而轉基因植物的愈傷組織在無菌條件下經過篩選、重新分化后一般都比較細弱,不宜大量取樣。如果外源基因在插入時發生基因重組,造成限制性酶切位點丟失, Southern 法也無法檢測到。這些因素都制約了 Southern 法在 T 0 代轉基因植物中檢測外源基因拷貝數的應用。
一般情況下重組載體基因較少整合到基因組中,但近年來已發現載體基因整合到特定基因座中導致的可能性。建議設計時充分考慮重組載體的安全性,關注目的基因的啟動子選擇、給藥劑量、整合區域等多種相關因素。建議對病毒載體進行全基因組測序。另外,也可將病毒載體轉導目標細胞后,對整合有載體序列的細胞基因組進行測序,說明載體骨架及目的基因序列的準確性。對于整合型載體還應考慮插入突變的風險,應對插入位點進行分析并說明對細胞存在的潛在的安全性影響,并對分析方法的合理性進行說明。用于檢測單個CAR-T細胞的慢病毒載體拷貝數的方法。
實時熒光定量PCR,其定量的基本原理是在PCR反應體系中加入非特異性的熒光染料(如:SYBRGREENI)或特異性的熒光探針(如:Taqman探針),實時檢測熒光量的變化,獲得不同樣品達到一定的熒光信號(閾值)時所需的循環次數:CT值(CycleThreshold);通過將已知濃度標準品的CT值與其濃度的對數繪制標準曲線,就可以準確定量樣品的濃度。熒光定量PCR技術具有簡便、快捷的優點,能夠有效擴增低拷貝的靶片段DNA,對每克樣品中20pg-10ng的轉基因成分進行有效檢測。同時,與Southern法相比,熒光定量PCR技術可對T-DNA的不同序列進行擴增,因此能實現對轉基因品系中的基因重組的檢測(Giovanna2002)。對于質粒載體,拷貝數是我們關心的特性之一。深圳 LV載體拷貝數報告
如何查到某個載體的拷貝數?上海CAR-T載體拷貝數方法
在細菌細胞中,某種特定質粒的數目。根據復制特性,質粒分嚴緊型和松弛型兩類,前者在細胞中只含1~2個,而后者含10~15個以上。恒定的拷貝數與質粒復制控制系統、宿主細胞遺傳背景及生長條件有關。質粒復制控制系統首先通過調節復制的起始點來控制拷貝數,調節因素包括阻遏蛋白、反義RNA和某些順向重復序列。有些質粒還有其他控制系統,如有分配功能的par系統和確保質粒穩定遺傳的ccd系統。一旦質粒上與調控有關的基因或位點突變,可使拷貝數明顯增加或減少。在細菌細胞中,某種特定基因的數目。上海CAR-T載體拷貝數方法