gRNA的長度和錯配: 17個核苷酸長度的gRNA顯示出更高的基因組編輯效率。相比之下,18-20 bp的長度顯示出較低的基因組編輯效率。在人類細胞中減少潛在脫靶效應的指導方針:1) 應避免在PAM的7-10 bp范圍內靶序列有超過3個錯配;2) 在PAM的12 bp內,應避免sgRNA 凸起以減少脫靶效應。gRNA的化學修飾:在gRNA核糖磷酸骨架中加入2?-O-甲基-3?-膦酰基乙酸酯會導致位點特異性修飾,使脫靶切割減少40-120倍,同時保持靶向性能。gRNA上游5'發夾結構的修飾可以提高Cas9和Cas12的特異性,降低脫靶效應。挑選前面的潛在脫靶位點,通過PCR測序驗證是否脫靶。浙江高精度脫靶檢測評估標準
先導編輯器:CBE和ABE組合使用可以有效地進行4種堿基轉換(C→T, G→A, A→G, T→C),而無需產生DSB,然而除了這4種堿基轉換,對另外8種堿基轉換(C→A, C→G, G→C, G→T, A→C, A→T, T→A, T→G)以及堿基的插入和缺失,依然缺乏有效的研究工具。先導編輯器(Prime Editor, PE),PE在不依賴DSB和供體DNA的條件下便可有效實現所有12種堿基轉換,此外還能有效實現多堿基的精細插入(較多可插入44bp)和刪除(較多刪除80bp)。> 抗CRISPR蛋白。抗CRISPR(Acr)蛋白是天然的CRISPR/Cas系統抑制劑,由各種可移動遺傳元件(MGEs)編碼,在不同階段抑制CRISPR-Cas的免疫功能。已經發現了多達45個Acr蛋白,其中 "AcrIIA4 "有可能保護細胞免受編輯。Shin和他的同事發現,通過調整AcrIIA4或Cas9加入實驗的時間,AcrIIA4將脫靶修飾減少了4倍,而沒有減少靶向效應。江蘇育種脫靶檢測技術脫靶檢測分析,推薦唯可生物,實驗實力強,專業性高,檢測效率高,結果準確率高。
當基因zhiliao產品在生殖qiguan持續存在時,需要進一步研究確定其在生殖細胞(例如卵母細胞、精子)的暴露水平。根據載體類型、復制能力、基因組整合特性、劑量水平、給藥途徑等因素,分析評估基因zhiliao產品生殖系整合風險。遺傳毒性,基因zhiliao產品將遺傳物質轉移到宿主細胞內或整合到宿主基因組中或對宿主基因組進行編輯,存在潛在的遺傳毒性風險。目前對于判斷細胞基因組插入/修飾是否會產生遺傳毒性、是否較終會發生變依然還缺乏系統的認知,因此,需要分析基因組改變(載體或遺傳物質整合進基因組、對基因組編輯等)的特征,并評估相關潛在風險。
長期隨訪的觀察時間長期隨訪的持續時間應確保足以觀察到受試者因產品特性、暴露情況(生物分布和給藥途徑)等導致的風險,應不短于遲發性不良反應的預期發生時間。一般而言,針對不同類型的基因zhiliao產品建議如下:?具有基因組整合活性的載體(例如γ-逆轉錄病毒和慢病毒載體)和轉座子元件建議觀察不短于15年。?可以產生持續ganran、或有潛伏再jihuo風險的細菌或病毒載體(如單純皰疹病毒)建議觀察15年或至數據表明不再存在任何風險(ganran或再jihuo)。基因編輯產品建議觀察15年或至數據表明不再存在任何風險。?腺相關病毒載體建議觀察5年或至數據表明不再存在任何風險。脫靶檢測評估,推薦唯可生物,實驗實力強,專業性高,檢測效率高,結果準確率高。
細胞外檢測方法:細胞外檢測方法較為直接,將基因組提純后進行CRISPR體外切割實驗,再捕獲發生脫靶切割的位點即可。1) Digenome-seqDigenome-seq是較早提出的一類細胞外脫靶位點檢測方法,提純的基因組DNA被Cas9/sgRNA切割后,再經過標準的全基因組測序流程獲得測序數據,之后需要較為復雜的生物信息學分析才能夠獲得CRISPR切割位點的信息。總體來講,這種方法測序成本較高,并且檢測靈敏度也有限。2)SITE-seq為了有效檢測到低頻脫靶位點,一般需要在建庫時定向捕獲CRISPR切割位點。SITE-seq就是這樣一種測序方法,提純的基因組DNA經過Cas9/sgRNA切割后,在切割位點末端連接帶Biotin的接頭;再隨機打斷基因組,在另一端連接第二個接頭;經過鏈霉親和素磁珠純化,只有一輪被Cas9切割的DNA才能夠被純化并測序,實現了CRISPR切割位點的富集。該方法雖然提高了脫靶位點的檢測靈敏度,但有著較高的實驗要求,每次需要投入大量的基因組DNA,并且無法區分提純基因組DNA時發生的隨機斷裂和Cas9的切割,導致產出較為明顯的背景信號。同時,由于一輪Biotin接頭只會接在Cas9切割位點的一側,導致測序結果里只能看到脫靶位點一側的序列。脫靶檢測CRO,推薦唯可生物,實驗實力強,專業性高,檢測效率高,結果準確率高。深圳基因編輯技術脫靶檢測方法
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通常不需要進行標準的遺傳毒性組合試驗,但應根據基因zhiliao產品的特點、產品的具體適應癥、載體的已有信息、導入基因序列結構等,評估基因zhiliao產品整合進基因組的可能性,判斷是否需要開展另外的遺傳毒性研究,如研究基因組修飾的發生情況,并檢測隨后可能發生的異常細胞行為;評估插入突變(插入位點、插入拷貝數等)引起的遺傳毒性風險。當基因zhiliao產品采用基因編輯或轉座子技術時,需要關注脫靶編輯、轉座子轉座印跡引起的遺傳毒性問題;鑒定/表征基因組整合位點。浙江高精度脫靶檢測評估標準