網絡藥理學構建網絡：網絡的構建是網絡藥理學研究的中心，網絡由頂點（又稱為節點）和邊組成，通常，頂點是被調查的主體或實體，如基因、蛋白質。是根據研究目的選用合適的評價算法或模型獲得節點元素間的相互關聯，并構建相應網絡模型的過程。根據網絡節點種類的不同，可分為同質網絡和異質網絡兩種基本類型：（1）同質網絡，如藥物-藥物關聯網絡、疾病相似網絡等；（2）異質網絡又稱二部網絡(Bipartitenetwork)，如藥物-靶點網絡、疾病-基因網絡、藥物-副作用網絡等。異質網絡中同類節點間不存在連接關系，而更復雜的網絡模型可以通過整合同質網絡和異質網絡形成。定義邊（頂點連接）在網絡構建中很重要。根據節點關聯關系發現算法，網絡構建的策略主要有三大類：基于知識、基于實驗數據和基于計算預測。介數是網絡中所有較短路徑中經過該節點的路徑的數目占較短路徑總數的比例。安徽醫學專業網絡藥理學服務

網絡藥理學研究進展：中藥藥效物質基礎的研究：中藥藥效物質基礎是指中藥發揮藥效的活性成分體系。中藥及其復方的成分多而雜，很難將其活性成分歸結為某一種特定物質，也并非只作用于某一特定靶點。藥效是多成分、多靶點、多生物調節功能協同作用的結果。目前中藥藥效物質基礎的研究方法通常是對某一類化合物或者單體的研究，但對于基于協同作用而發揮藥效的藥物很難研究清楚。運用網絡藥理學，根據藥物之間的結構、功效來構建藥物-藥物網絡，可有效地預測中藥的有效成分。吉林網絡藥理學服務網絡藥理學是當前中藥學科的研究前沿，其融合了系統生物學和多向藥理學的思想。

當今世界，人們生活水平相對以前有了明顯提高，經濟發展迅速，然而健康問題一直是人們所關注的話題，疾病越來越復雜，新型疾病的發現給人類健康造成巨大威脅，因此提高醫療水平對保障人們的健康，增加幸福指數有極大意義，而醫療水平的提高離不開品質高的效果藥物，離不開新藥的研發。藥物不只承擔著防治疾病，養生續命的作用，同時也是社會經濟建設中不可或缺的部分。傳統藥物的發現主要集中于單一靶點的高特異性阻止劑，藥物基本都是單體化合物，作用于某個特定的靶點。然而通過大規模功能基因組研究證明，只有不到10%的基因敲除具有醫療價值，而且單一靶點的高特異性的藥物對復雜疾病的醫療通常難以獲得明顯療效，傳統新藥研發的“單基因-單靶點-單疾病”模式在新藥研發中遇到巨大瓶頸及嚴峻挑戰。

網絡藥理學研究方法目前普遍應用于中醫藥領域,為中藥預測提供了科學的技術和理論，為復雜的中藥體系的研究提供了思路。不但為提高中藥的安全性和合理用藥提供技術支持，也必將推進中藥現代化的進程。針對中藥復方的現代化研究，普略醫學總結了一套兼具創新性和可行性的研究思路：首先利用疾病動物模型進行藥物干預，通過效果相關指標檢測，確定療效；其次結合基于網絡藥理學的compound-target-pathway預測，利用代謝組學、蛋白組學、轉錄組學及三組學聯合分析進行復方藥物干預機制研究；然后利用細胞和動物模型，通過PCR、WB、IHC、免疫熒光、免疫共沉淀、質譜、電鏡等檢測手段進行具體通路分子和相關指標的檢測和驗證；較后利用高效液相色譜技術進行復方組分分離，利用質譜技術結合疾病模型驗證進行有效組分分析和單體鑒定。相信未來網絡藥理學將被越來越多地運用于到藥學領域的研究中。

網絡藥理學還受到許多毒理學研究者的高度重視。基于網絡藥理學、系統生物學等的研究提出了網絡毒理學研究的理念，即根據構建網絡模型來研究藥物的毒理學性質。通過對網絡模型的關聯分析及揭示藥物的不良反應及機制。從相關數據庫中提取出基因、蛋白、不良反應等要素，將這些要素作為節點，運用計算機技術構建不良反應－藥物－基因、靶點網絡模型，推測和判斷藥物的不良反應及產生不良反應的物質。該研究思路不只為毒理學研究帶來了全新視角，也為藥物的安全性評價提供了新的依據。范驍輝等討論了建立網絡毒理學及中藥網絡毒理學研究思路，談到復雜網絡構建及分析技術的快速發展為網絡毒理學的誕生奠定了基礎。建立中藥網絡毒理學，有望為開展有毒中藥的毒性成分篩查、致毒機制和配伍禁忌等研究提供了新的手段，不只為提高中藥的安全性和合理用藥提供技術支持，也必將推進中藥現代化的進程。藥物靶點在人體生物網絡中以一定的規律分布，且不同種類藥物的靶點在網絡中分布的位置各不相同。吉林網絡藥理學服務

網絡藥理學的發展可追溯至20世紀90年代。安徽醫學專業網絡藥理學服務

網絡藥理學是運用多種數據庫及軟件綜合分析、篩選、構建網絡圖，其中主要的數據庫、軟件及相關作用如下:中藥系統藥理學數據庫和分析平臺(TCMSP)主要用于藥物化合物成分及相關靶標的篩選;通用蛋白質數據庫(Uniprot)用于靶標蛋白基因的搜索篩選;有機小分子生物活性數據庫(Pubchem/OMIM)用于藥物化合物2D、3D結構搜索;人類基因數據庫(GeneCards)用于疾病基因搜索篩選;在線韋恩圖反映藥物篩選靶標基因與疾病基因的交集基因;蛋白互作平臺數據庫(STRING)用于構建蛋白相互作用網絡(PPI);生物學信息注釋數據庫(DAVIDv6.8)用于GO分類富集和KEGG通路富集分析;在線云平臺(Omicshare)主要用于GO分類富集分析和KEGG通路分析結果繪制氣泡圖;GraphPadPrism6制圖軟件主要用于GO分類富集分析和KEGG通路分析結果繪制柱狀圖;網絡拓撲屬性分析軟件CytoscapeVersion3.6.1主要用于構建“成分-靶標-通路”網絡。安徽醫學專業網絡藥理學服務

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