定量蛋白質(zhì)組學研究：2022年2月，上海市農(nóng)業(yè)科學院食用菌研究所鮑大鵬研究員課題組在《FrontiersinMicrobiology》期刊發(fā)表的題為“OxidativeStressandAutophagyAreImportantProcessesinPostRipenessandBrownFilmFormationinMyceliumofLentinulaedodes”的研究成果，通過iTRAQ標記定量蛋白組學、GC-MS非靶向代謝組學等技術對香菇菌絲進行定量蛋白質(zhì)組學和代謝組學分析，發(fā)現(xiàn)氧化應激和自噬是香菇菌絲后熟轉(zhuǎn)色重要過程，并對其在蛋白質(zhì)組和代謝組水平上的分子機制有了新的認識。涉及的歐易/鹿明生物服務產(chǎn)品：iTRAQ標記定量蛋白組學、GC-MS非靶向代謝組學單細胞組學 單細胞蛋白組學 蛋白質(zhì)組學 。上海蛋白組學的ipa分析

使用TMT標記定量蛋白質(zhì)組學分析，與GFP-群體相比，在GFP+細胞中TM處理后，線粒體復合物IV的多個亞基被特異性下調(diào)，對下調(diào)的蛋白質(zhì)進行基因本體 (GO)分析，顯示參與線粒體電子傳遞鏈 (ETC) 的通路富集。同時作者還分析了從人 LM2 細胞系中分選的 LM2 GFP+和 GFP- 細胞，在 TM 處理 48 小時后蛋白組學分析，揭示了GFP+細胞優(yōu)先富集，同時揭示了線粒體 ETC 相關的通路。因此，TM 處理特別影響具有更高細胞內(nèi)銅水平的 SOX2/OCT4+ 細胞中的線粒體 ETC 通路。蛋白質(zhì)組學分析確定了富含線粒體功能的途徑。細胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒體金屬酶，是線粒體ETC的終末酶。上海差異蛋白組學和itraq蛋白組學檢測一個樣多少錢。

為了驗證iTRAQ標記蛋白組學分析測定的蛋白積累變化，選擇兩種蛋白進行westernblot分析。如圖4A所示，iTRAQ分析中兩種蛋白(RPD3和VMA3)的積累每次均與westernblot數(shù)據(jù)一致。RPD3、TOR1、VMA3和VAC8在基因水平上的相對表達量與蛋白水平相似，在BF的菌絲中也表達上調(diào)(圖4B-D)。VAC8在2－1、3－1、4－1組的基因水平上高度上調(diào)。這些結果表明，這些上調(diào)的表達蛋白可能是香菇BF形成的重要蛋白。本研究利用標記定量(iTRAQ)蛋白質(zhì)組學、基于氣相色譜-質(zhì)譜的代謝組學GC-MS非靶向代謝組學和透射電鏡分析細胞結構，研究了香菇菌絲后熟轉(zhuǎn)色形成的機制，并且***證明氧化應激和自噬過程是至關重要，為后續(xù)進一步的研究提供了新的見解。

4D蛋白質(zhì)組學分析發(fā)現(xiàn)，不同的病因和疾病的嚴重程度中蛋白表達存在差異。嚴重的疾病同急性期的蛋白的增加，補體系統(tǒng)蛋白及功能相關的蛋白相關；通過COVID-19和健康組對比，發(fā)現(xiàn)了49%的差異分析物；和膿毒癥相比，G-CSF，IL-8等在嚴重的COVID-19患者中含量更低；蛋白和臨床相關性分析則發(fā)現(xiàn)臨床特征和某些蛋白呈強相關性。本研究通過4D蛋白組學技術結合其他組學技術及免疫技術，確定了COVID-19免疫特征和宿主反應等相關因素，并為進一步COVID-19的***打下了良好的基礎。蛋白組學翻譯后修飾篩選,檢測,鑒定,定性,定量。

蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析鑒定出了幾種參與肝葡萄糖脂代謝的蛋白質(zhì)（ACC、FASN、SCD1、CPT1A、GLUT2、GK、GS、G6Pase、PEPCK）。此外，AC顯示出抑制脂肪生成酶（ACC，F(xiàn)ASN和SCD1）表達的趨勢，同時***上調(diào)了GLUT2。與對照組相比，AC***增加了PEPCK的表達，兩種化學物質(zhì)對G6Pase均無***影響（圖4A）。PRM蛋白靶向驗證測定結果與蛋白質(zhì)組變化相一致，這進一步證實了蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)中蛋白質(zhì)的表達（圖4B）。轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學聯(lián)合分析結果顯示AC和AL***改善了線粒體功能。GSEA分析顯示，處理組的氧化磷酸化（OXPHOS）通路***上調(diào)，AC組和AL組的富集得分分別為0.826和0.535。蛋白質(zhì)組學技術簡介及應用場景。山東itraq蛋白組學多少錢

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綜上所述，本研究應用RNA-seq轉(zhuǎn)錄組分析結合iTRAQ蛋白質(zhì)組學技術，探討油茶種子不同成熟期儲量積累的動態(tài)變化。此外，作者還探討了黃酮類化合物和脂肪酸的生物合成和代謝可能的調(diào)控機制。許多功能轉(zhuǎn)錄本(16530)和蛋白質(zhì)物種(1228)的模式發(fā)生了***變化，其中317個DAPs被轉(zhuǎn)錄組結果覆蓋。結合結構基因(蛋白)或轉(zhuǎn)錄因子的表達譜及相應化合物的含量，對重要代謝產(chǎn)物的調(diào)控網(wǎng)絡進行了探討。結果表明，黃酮類化合物的合成能力在種子成熟過程中逐漸減弱，而脂肪酸的合成能力則先升高后下降。上海蛋白組學的ipa分析

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