單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發展，可以看到，在現有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接下來的時間里，單細胞轉錄組和空間轉錄組將為生命科學的發展做出極其重要的貢獻。單細胞轉錄組測序技術的特點在于提供詳實的每個細胞的轉錄表達信息，但是缺失了來源組織的空間組成信息。現有商用空間轉錄組測序技術的特點在于提供了完整的組織空間位置信息，但是每個捕獲spot的信息無法達到單細胞分辨率（10個左右細胞）。因此，這兩個技術的存在是天然互補的，而將兩者的結合也是水到渠成，完美結合。只聽名字就想嘗試，不清楚空間轉錄組的原理及通過該技術究竟能拿到什么結果。上海空間轉錄組價格

早期空間轉錄組學的另一條發展路線是基因捕獲和增強子捕獲篩選，開發于二十世紀八十年代，當時 DNA 測序通量正在增加，動物基因組是新開放的前沿領域。果蠅和小鼠的篩選是在八十年代后期進行的，目的是觀察未靶向且通常未知的基因表達情況。隨著通量的增加，增強子和基因捕獲技術在九十年代成為空間轉錄組學的技術，直到 WMISH 在九十年代后期興起。WMISH 技術的自動化程度較高，避免了對轉基因品系的依賴，同時由于在二十一世紀初獲得物種的參考基因組信息變得越來越便利，探針設計因此也更為方便。青海空間轉錄組報價scRNA-seq 技術的進步啟發了利用高分辨率轉錄組定量分析與空間轉錄組學數據的互補性質的新方法。

空間轉錄組數據分析的是根據每個芯片上每個 spot 的基因表達信息進行聚類，然后將 spot 根據坐標位置序列放回到組織的圖像上，同時可以對每個 gene 在組織上表達的空間位置進行定位。獲得測序數據后，首先利用 Space Ranger  軟件可以自動化的對圖像進行處理、數據比對和 Barcode 處理。另外一個軟件 Loupe Cell Browser 是一個適用于 Windows 和 MacOS 的桌面應用程序，它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium 數據。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。

Visium空間轉錄組能夠做何種組織類型以及推薦切片厚度是什么？10X Genomics測試過很多組織類型，絕大多數都可以用于空間轉錄組的分析。下圖是他們官網上測試過的組織類型的列表，測試過的組織都可以運用在空間轉錄組的分析上面。但建議用戶用基因表達玻片做正式實驗前，務必用組織優化的玻片測試一下，看組織能否用于空間轉錄組的實驗，同時也找到比較好的組織通透時間。切片厚度基本上以10μm為主，但也有少量組織例外。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。HE 染色適用于空間轉錄組的組織學呈現方法。

1. 空間轉錄組實驗步驟A。切片制備和優化：取新鮮組織、冷凍、切片，并進行HE染色成像，優化確定切片是否覆蓋靶向區域。空間轉錄組實驗步驟B。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結合捕獲探針的載玻片上，并進行固定和透化，使細胞中的 mRNA 得到釋放，并結合到相應的捕獲探針上，從而獲取基因表達信息。空間轉錄組實驗步驟c。逆轉和文庫構建：以捕獲的 RNA 為模板，進行 cDNA 合成，和測序文庫制備。空間轉錄組實驗步驟d。高通量上機測序：對制備好的測序文庫，進行二代高通量短讀長測序。空間轉錄組實驗步驟e。數據可視化分析：結合HE結果，確定哪些基因有表達，表達量高低，以及這些基因的空間位置信息。如何通過“HE染色”判斷空間轉錄組項目樣本是否為“好的樣本”呢？湖北10x空間轉錄組

空間轉錄組的組學板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序，記錄切片的轉錄本信息和空間位置信息 。上海空間轉錄組價格

空間轉錄組的應用有哪些？一、發現疾病的空間異質性：同時了解患病組織中的細胞類型及其定位有助于解決空間分辨的轉錄組學問題。在不同的環境下，明智地選擇這些方法在生物學研究中也是至關重要的，例如在神經科學中，基于FISH的方法很普遍；基于LCM的方法適用于小樣本（例如臨床樣本）以及整個轉錄組或基因組分析。二、構建空間轉錄組圖譜：借助于空間分辨的單細胞轉錄組學，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結構的重要步驟。目前的多項研究通過單細胞轉錄組技術結合空間轉錄技術，得到多個***的時空轉錄組圖譜（相關研究后續會在如下專輯更新）。上海空間轉錄組價格

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