和單細胞轉錄組一樣，空間轉錄組也可以進行細胞間通訊分析，區別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細胞間相互作用。通常通過了解配體受體（LR）對并測試 LR 對是否更有可能在鄰近細胞或 spot 中表達來完成。還有很多其他類型的分析可用于空間轉錄組學數據，包括基因模式的識別，空間區域的轉錄組定義， 基因間的相互作用推斷，轉錄本的亞細胞定位以及基于H＆E圖像的基因表達估算等。1. 歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。scRNA-seq 技術的進步啟發了利用高分辨率轉錄組定量分析與空間轉錄組學數據的互補性質的新方法。重慶品質空間轉錄組

空間轉錄組技術原理是什么？當組織冷凍切片附在空間轉錄組載片上時，條形碼引物結合并從組織中捕獲鄰近的mRNA。被捕獲的mRNA開始逆轉錄，得到的cDNA中包含了空間條形碼。分析Illumina測序結果中空間條形碼的序列，可以將每個mRNA轉錄的序列映射回組織切片中的起始位置。空間轉錄組的條形碼逆轉錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，空間轉錄組使得在mRNA樣品處理和后續測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。湖北空間轉錄組價格空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數據的技術，從而解析單個組織切片中的所有mRNA。

本文利用空間轉錄組學研究了在AD小鼠模型中，淀粉樣斑塊周圍直徑為100mm的組織域中發生的轉錄變化。發現了富含髓鞘和少突膠質細胞基因（OLIGs）的基因共表達網絡的早期改變，而斑塊誘導的基因（PIGs）的多細胞基因共表達網絡涉及補體系統、氧化應激、溶酶體和炎癥，在疾病的后期非常突出。此外作者通過對小鼠和人腦切片進行原位測序（ISS），證實了大多數觀察到的細胞水平的變化。空間轉錄組學分析為探究AD和其他腦部疾病致病特征附近失調的細胞網絡提供了可能。

當前的技術主要有四種策略：1、基于組學實驗結合空間重建的計算策略。這種計算方法可以充分利用內在基因表達模式或共表達的趨勢，從單個細胞的大量轉錄組數據中重構細胞間的環境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現空間趨勢或特定組織的總體布局。2、激光切割與NGS測序結合的策略。基于LCM的轉錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉錄組，盡管其通量很低，但是在可以標記成千上萬個單個細胞位置的多路復用條形碼策略可行之前，將少量細胞的數據粗略地整合到構成***的巨大背景中，可能具有一定價值。3、基于熒光物質原位的轉錄組學。基于圖像的原位轉錄組學在很大程度上增加了可檢測區域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉錄本積累等復雜背景中提取單個細胞。4、基于寡核苷酸的空間條碼加上NGS測序。費用較高且無法在單個細胞中獲得轉錄組。空間轉錄組細胞通訊分析方法簡介及實操。

空間轉錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術，與bulk RNA-seq或單細胞轉錄組測序相比，空間轉錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失，使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內部的空間位置信息。已發表的關于空間轉錄組技術有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細胞數量上限制較大，或是存在有效測序深度不足等問題。正是由于空間轉錄組可以從多維度解析生物學過程的特點，近年來關于空間轉錄組無論是在技術開發，還是大規模應用或商業化，都得到蓬勃發展。

空間轉錄組測序結果為未來人類心臟發育的研究提供重要的借鑒意義。上海空間轉錄組規格

對于 EDA 以外的任務，用戶仍然經常需要學習新的語法，轉換對象類型，空間轉錄組學仍然面臨許多挑戰。重慶品質空間轉錄組

空間轉錄組的方法和技術有哪些？廣義上講，現有的生成空間分辨轉錄組學的方法可分為四類：用于空間重建的計算策略和組學實驗的組合，使用激光捕獲顯微切割（LCM）結合高通量進行直接測量，使用熒光物質的基于圖像的原位轉錄組學 ，以及基于寡核苷酸的空間條形碼再加上高通量。每種方法都有其優點和缺點。空間重構的計算策略：這種計算方法可以充分利用內在基因表達模式或共表達的趨勢，從單個細胞的大量轉錄組數據中重構細胞間的環境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現空間趨勢或特定組織的總體布局。基于LCM的方法：基于LCM的轉錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉錄組，盡管其通量很低，但是在可以標記成千上萬個單個細胞位置的多路復用條形碼策略可行之前，將少量細胞的數據粗略地整合到構成***的巨大背景中，可能具有一定價值。基于圖像的原位轉錄組學：基于圖像的原位轉錄組學在很大程度上增加了可檢測區域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉錄本積累等復雜背景中提取單個細胞。空間條形碼加高通量：費用較高且無法在單個細胞中獲得轉錄組。重慶品質空間轉錄組

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