空間基因表達技術能夠在保留空間背景信息的同時，多角度測量轉錄組譜。然而，現有的分析方法并沒有解決技術分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團隊開發了BayesSpace，這是一種完全貝葉斯統計方法，它使用來自空間鄰域的信息來增強空間轉錄組數據的分辨率并進行聚類分析。基準測試證明BayesSpace在識別具有相似表達譜的空間簇和提高空間轉錄組學分辨率方面的效用，其既克服了有效利用空間信息進行表達數據聚類的挑戰，又克服了目前空間轉錄組技術分辨率有限的問題。了解R語言基礎語法及數據類型，了解空間轉錄組數據分析整體流程。北京空間轉錄組領域

歐易生物高級技術支持陳老師首先給大家介紹了空間轉錄組學的發展歷程、測序流程及原理。緊接著，歐易生物技術支持姚老師針對目前空間轉錄組學發表的一系列高分文章進行了方案設計的解析。姜老師給大家詳細介紹了空間轉錄組項目樣本準備、切片、貼片等實驗過程及注意事項，并帶領大家到實驗室實地觀摩了整個實驗過程，并就其中細節進行了講解。董老師針對空間轉錄組10x Space Ranger的分析原理及結果進行了詳細解析，并介紹了使用Seurat包進行數據挖掘的標準分析流程。歐易生物空間轉錄組領域空間轉錄組樣本的組織切片的細胞中會釋放出mRNA，遷移到每個spot的mRNA會被標記上相應的barcode序列。

第二，數據庫的建立。盡管當前空間轉錄組的數據在快速地增長，但尚未有對應的數據庫來對這些數據進行匯總集成。第三，研究物種及組織的多樣化。在當前時代，除 LCM 之外，研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦，而其他***（例如肝臟）的空間轉錄組學研究相對滯后。對除人類和小鼠以外的其他生物以及除大腦以外的其他***的技術現代化，將為開發有用的空間轉錄組學地圖集提供廣闊的前景。第四，集成度高、交互性強、易擴展、文檔信息完善的開源工作流程的開發。該類工具的開發將簡化不同類型空間轉錄組學數據的整合和分析。

空間轉錄組的一般流程2。這使得在后續步驟中覆蓋細胞組織圖像和基因表達數據成為可能。用我們的滲透試劑對組織進行滲透，這意味著在細胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過這些通道離開細胞，并與芯片上相鄰的捕獲探針結合。因此，基因表達信息被捕獲在芯片上。需要通過以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲的信息轉換為數據。cDNA合成是為了創造穩定的雙鏈DNA分子。這是必要的，因為cdna - rna -雜交體的降解速度很快。此外，這是構建可測序文庫之前的必要步驟。所有之前收集的信息都被匯集起來，可以在線訪問。這意味著在實踐中，您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區域。然后你可以確定哪些基因在這些區域中以什么數量表達。因此，你可以在一個單一的實驗中進行新分析。空間轉錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術。

本文利用空間轉錄組學研究了在AD小鼠模型中，淀粉樣斑塊周圍直徑為100mm的組織域中發生的轉錄變化。發現了富含髓鞘和少突膠質細胞基因（OLIGs）的基因共表達網絡的早期改變，而斑塊誘導的基因（PIGs）的多細胞基因共表達網絡涉及補體系統、氧化應激、溶酶體和炎癥，在疾病的后期非常突出。此外作者通過對小鼠和人腦切片進行原位測序（ISS），證實了大多數觀察到的細胞水平的變化。空間轉錄組學分析為探究AD和其他腦部疾病致病特征附近失調的細胞網絡提供了可能。空間轉錄組測序結果為未來人類心臟發育的研究提供重要的借鑒意義。廣東歐易生物空間轉錄組質量

了解空間轉錄組樣本準備注意事項。北京空間轉錄組領域

1. 空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數據的技術，從而解析單個組織切片中的所有mRNA。空間條形碼逆轉錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，使得在mRNA樣品處理和后續測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細胞RNA測序或組織樣本RNA測序，均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉錄組技術可獲取組織中具體的位置的轉錄信息，為研究和診斷提供有效數據支撐。10x Genomics空間轉錄組技術可以應用于免疫、發育、神經和病理等研究方向。北京空間轉錄組領域

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