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湖北空間轉錄組領域

來源: 發布時間:2021-11-30

如果只是通過空間轉錄組或者單細胞轉錄組,研究人員在兩個樣本中均可以發現淋巴細胞相關基因或者淋巴細胞群,無法解釋兩個樣本預后之間的差異。但是通過空間轉錄組,就能很清晰看到兩個樣本之間的差異。作者借助空間轉錄組測序技術探究人類心臟在發育過程中的基因表達特征和細胞圖譜變化,發現對于每個發育階段的不同解剖區域,都有獨特的基因表達特征。結合單細胞轉錄組測序技術,作者進一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達的空間注釋信息。 10x? Genomics空間轉錄組用于文庫構建的每張載玻片上有四個捕獲區域,每個捕獲區域的大小為6.5x6.5mm。湖北空間轉錄組領域

空間轉錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術,與bulk RNA-seq或單細胞轉錄組測序相比,空間轉錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失,使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內部的空間位置信息。已發表的關于空間轉錄組技術有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細胞數量上限制較大,或是存在有效測序深度不足等問題。正是由于空間轉錄組可以從多維度解析生物學過程的特點,近年來關于空間轉錄組無論是在技術開發,還是大規模應用或商業化,都得到蓬勃發展。


四川宣傳空間轉錄組空間轉錄組的條形碼逆轉錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著。

1. 空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數據的技術,從而解析單個組織切片中的所有mRNA。空間條形碼逆轉錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著,使得在mRNA樣品處理和后續測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細胞RNA測序或組織樣本RNA測序,均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉錄組技術可獲取組織中具體的位置的轉錄信息,為研究和診斷提供有效數據支撐。10x Genomics空間轉錄組技術可以應用于免疫、發育、神經和病理等研究方向。

 空間轉錄組學(ST)是一種方法,允許在組織樣本中可視化和定量分析轉錄組與空間分辨率。通過在載玻片上排列含有位置條形碼的寡核苷酸的組織切片,該方法聲稱可以生成具有精確位置信息的高質量的RNA-seq cDNA文庫。條形碼芯片有1007個帶有獨特條形碼序列的引物位點。每個位置都有一個直徑100μm(對應于一個組織域)中心到中心的距離是200μm。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗,在空間轉錄組樣本處理、實驗和數據挖掘上的成功經驗,致力通過質量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數據的技術,從而解析單個組織切片中的所有mRNA。

1. 空間轉錄組實驗步驟A。切片制備和優化:取新鮮組織、冷凍、切片,并進行HE染色成像,優化確定切片是否覆蓋靶向區域。空間轉錄組實驗步驟B。切片固定和透化:將組織切片放置在含有與RNA結合捕獲探針的載玻片上,并進行固定和透化,使細胞中的 mRNA 得到釋放,并結合到相應的捕獲探針上,從而獲取基因表達信息。空間轉錄組實驗步驟c。逆轉和文庫構建:以捕獲的 RNA 為模板,進行 cDNA 合成,和測序文庫制備。空間轉錄組實驗步驟d。高通量上機測序:對制備好的測序文庫,進行二代高通量短讀長測序。空間轉錄組實驗步驟e。數據可視化分析:結合HE結果,確定哪些基因有表達,表達量高低,以及這些基因的空間位置信息。10X Genomics 繼單細胞測序后也推出了空間轉錄組測序技術。什么是空間轉錄組

空間轉錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失。湖北空間轉錄組領域

第二,數據庫的建立。盡管當前空間轉錄組的數據在快速地增長,但尚未有對應的數據庫來對這些數據進行匯總集成。第三,研究物種及組織的多樣化。在當前時代,除 LCM 之外,研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦,而其他***(例如肝臟)的空間轉錄組學研究相對滯后。對除人類和小鼠以外的其他生物以及除大腦以外的其他***的技術現代化,將為開發有用的空間轉錄組學地圖集提供廣闊的前景。第四,集成度高、交互性強、易擴展、文檔信息完善的開源工作流程的開發。該類工具的開發將簡化不同類型空間轉錄組學數據的整合和分析。湖北空間轉錄組領域

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