一些實現空間轉錄組學的重要技術，**早可以追溯到二十世紀七十年代，長期以來，各種形式的原位雜交技術（ISH）已用于可視化空間中的基因表達。從技術原理中不難看出，空間轉錄組技術**為特殊的載玻片。ISS 方法通常通過基于連接（SBL）或者基于合成（SBS） 的原位測序， 確定靶向基因序列或非靶向的 cDNA 短片段，**終獲得空間轉錄組信息。根據測序鏈接策略的不同（SOLiD，cPAL和SEDAL），基于 SBL 的原位測序技術方法的代表性技術分別為 FISSEQ，ISS，STARmap。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。吉林歐易生物空間轉錄組使用

BayesSpace是一種基于空間轉錄組模型的聚類方法，通過對基因表達矩陣的低維表示進行建模并通過空間先驗鼓勵相鄰點屬于同一簇來實現空間聚類。與以前的方法相比，BayesSpace允許對聚類結構和錯誤項進行更靈活的規范。BayeSpace通過***使用的Bioconductor SingleCellExperiment數據結構將預處理數據作為輸入，無縫集成到空間轉錄組分析工作流中，輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中，該對象可用于下游分析。BayesSpace增強的空間聚類提供了一個更高分辨率的組織類型圖。值得注意的是，增強后的空間聚類識別了沿**邊界的淋巴組織區域和可能的免疫浸潤到**中的區域，這些區域在原來的分辨率下是無法辨別的。重慶空間轉錄組報價早期空間轉錄組學的另一條發展路線是基因捕獲和增強子捕獲篩選。

空間轉錄組技術包含兩種芯片，分別為組織優化芯片（Tissue Optimization）和基因表達芯片（Library Preparation）。組織優化芯片用來摸索組織透化的比較好時間，基因表達芯片用來進行正式樣本的空間轉錄組實驗。其中基因表達芯片上有 4 個捕獲區域，每個區域大小為 6.5mm×6.5mm，每個捕獲區域中有 5000 個帶有特異地址序列的探針簇，稱為 barcoded spots，每個 spot 直徑為 55um，包含數百萬個用于捕獲的 oligo 探針序列，相鄰兩個 spot 的中心距離為 100um。探針序列的結構為：測序引物結合序列，16nt 的位置序列，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。

轉錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉錄本來獲取，目前已有多種技術策略被開發報道， 如空間轉錄組技術（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技術，通過將包含空間位置信息的條形碼、UMI 標簽、poly-dT 的探針固定在商用微陣列載玻片上，來捕獲包含 poly(A) 尾巴的轉錄本，并獲取全轉錄組水平的基因表達及位置信息。一些無需成像即可計算重建空間基因表達模式所需信息的技術也被開發了出來，其中之一就是是 DNA 顯微技術，它記錄 cDNA 之間的接近度，該信息可用于重建轉錄本之間的相對位置。空間轉錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失。

空間轉錄組數據分析的重要是根據每個芯片上每個spot的基因表達信息進行聚類，然后將spot根據坐標位置序列放回到組織的圖像上，同時可以對每個gene在組織上表達的空間位置進行定位。獲得測序數據后，首先利用Space Ranger 軟件可以自動化的對圖像進行處理、數據比對和Barcode處理。另外一個軟件Loupe Cell Browser是一個適用于Windows和MacOS的桌面應用程序，它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium數據。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。空間轉錄組技術重點為特殊的載玻片。吉林歐易生物空間轉錄組使用

有很多其他類型的分析可用于空間轉錄組學數據，包括基因模式的識別，空間區域的轉錄組定義等。吉林歐易生物空間轉錄組使用

空間轉錄組研究的的必要性。研究單細胞我們想要探究細胞間的異質性，但是常規的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液，然后利用單細胞分離技術（微孔，微板，液滴）等方法實現單細胞建庫，這里比較大的問題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中有很重要。特別是在研究細胞命運機制及細胞譜系發生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發展空間轉錄組技術實現細胞的位置信息的保留，對研究此類細胞狀態尤為必要。吉林歐易生物空間轉錄組使用

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