從單細胞測序描述性分析轉向復雜樣本中不同細胞類型的功能解析,越來越需要一種多組學的細胞生物學視角。通過單細胞多組學——即對不同組學的數據集進行分析和整合——科學家能夠從同一個單細胞來源中檢測多種細胞特征。這些特征包括全轉錄組基因表達、細胞表面蛋白表達、免疫組庫序列(包括T細胞和B細胞受體)以及用于了解表觀基因組調控的開放染色質區域。隨著單個實驗可提供更多信息豐富的數據,研究人員的獲益更多,包括保留珍貴樣本、提高生產力、減少因批次效應引起的錯誤,并節省更多的高科技資源(從資助基金到人員時間)。十二年測序經驗,烈冰生物單細胞多組學領域的佼佼者。吉林10X Chromium X單細胞測序服務公司
機體為響應各種應激,其細胞會從一種功能“狀態”轉變為另一種功能“狀態”;當細胞在不同狀態之間轉變時,往往會經歷轉錄重組,導致一些基因被沉默,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態細胞進行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態。擬時序分析,即根據不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況,構建細胞譜系發育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細胞形態。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉化和變化進行描述。天津10X Genomics單細胞測序平臺單細胞測序是高通量測序下的又一重大技術突破。
10X Genomics和Drop-Seq具有類似的技術原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,一列縱向孔道輸入細胞,凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術,將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構建文庫。
烈冰科技自主研發的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數據,深度解讀數據分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統穩定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!此外,烈冰生信團隊根據豐富的實戰經驗為用戶量身打造了一款單細胞測序結果解讀的神兵利器——單細胞瀏覽器(Single Cell Browser),不但可以將海量復雜的結果文件可視化,還是可以實現三維立體化展示的軟件。專業的生信代碼交給專業的烈冰,專業的生物學意義交給專業的您,詳情請咨詢烈冰生物。烈冰單細胞測序,助力您的深入科學探究。
二代測序技術在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencing by synthesis)和大規模平行測序技術(massive parallel analysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如Illumina Solexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構建、簇生成、測序和數據分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3'和5'端接上3種序列:1)Index,用于區分樣品來源;2)Adapter,用于結合測序通道上的位點;3)Primer binding site,用于結合PCR引物啟動擴增反應。烈冰科技成立10余年,為科研學者提供專注的測序數據分析服務。天津高通量測序單細胞測序百萬通量平臺
烈冰生物全轉錄組測序通過雙文庫構建,實現多種RNA的一網打盡。吉林10X Chromium X單細胞測序服務公司
10X Genomics 是一種基于 drop 的微流控技術,液體在配套芯片中的微管道中流動,因此細胞直徑會受到芯片中微管道直徑的限制,微流體通道的直徑約為 50 ~ 60 um,因此捕獲細胞的直徑不能超過 40um。當細胞直徑過大時,容易出現管道堵塞,造成GEM生成失敗,對于神經科學研究和心血管疾病研究的老師而言,準備采用單細胞技術用于課題研究的時候,往往會遇到一個尷尬的問題,就是目標細胞,例如神經元細胞、成熟心肌細胞由于體積過大,不適用于 10X 單細胞技術。其中神經元細胞的直徑很大,直接超過了芯片中管道的直徑,雖然心肌細胞直徑低于 50um,但是成熟心肌細胞的長度很長,有可能堵塞通道造成實驗失敗,這也是為什么現在很多已發表的心臟單細胞文章,主要研究方向是心臟發育的原因了,主要還是因為未發育成熟的心肌細胞比較小,不會出現堵塞管道的風險。因此可以考慮組織解離后過 40um 濾網,過濾掉大細胞,避免出現管道堵塞、實驗失敗的風險。此種方案的缺點是大細胞被過濾掉,丟失相關細胞數據;另外組織解離獲得高質量細胞懸液以后,繼續做細胞裂解抽細胞核,開展細胞核測序。具體可訪問烈冰官網給我們留言,烈小冰將安排專業技術為您詳細解答。吉林10X Chromium X單細胞測序服務公司
上海烈冰生物醫藥科技有限公司發展規模團隊不斷壯大,現有一支專業技術團隊,各種專業設備齊全。在烈冰生物近多年發展歷史,公司旗下現有品牌NovelBio,烈冰生物,NovelBrain,PanoCell,烈冰智造等。公司不僅*提供專業的生物科技、醫藥科技、信息科技、計算機科技領域內的技術開發、技術服務、技術轉讓、技術咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調查(不得從事社會調查、社會調研、民意調查、民意測驗),從事貨物及技術的進出口業務,計算機、軟件及耗材(除??兀浖_發【依法須經批準的項目,經相關部門批準后方可開展經營活動】,同時還建立了完善的售后服務體系,為客戶提供良好的產品和服務。烈冰生物始終以質量為發展,把顧客的滿意作為公司發展的動力,致力于為顧客帶來***的單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序。