機體為響應各種應激,其細胞會從一種功能“狀態”轉變為另一種功能“狀態”;當細胞在不同狀態之間轉變時,往往會經歷轉錄重組,導致一些基因被沉默,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態細胞進行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態。擬時序分析,即根據不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況,構建細胞譜系發育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細胞形態。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉化和變化進行描述。烈冰一站式單細胞測序服務:立足科學研究,解碼生命本質。蘇州single cell RNA單細胞測序服務公司
您的珍貴樣本,可以放心依賴烈冰生物BD Rhapsody單細胞捕獲系統,首先,該系統的技術原理是基于cyto-seq的微孔技術,因此不會因為樣本細胞體積太大或懸液背景太雜等問題導致捕獲通道的堵塞進而導致樣本的損失;其次,BD RhapsodyTM單細胞捕獲系統無電子元件,便于攜帶,當您的樣本需及時實驗時,我們可以“拎包上門”,快速的完成細胞捕獲部分,不至于珍貴樣本因細胞活性快速下降帶來的損失;在這,BD Rhapsody單細胞捕獲系統對細胞數量包容性較好,細胞懸液上樣量高達575ul,針對樣本中細胞數量較少的組織類型,也能完成整個項目的細胞捕獲工作。青島BD單細胞多組學測序單細胞多組學測序可識別重要的轉錄因子,進行譜系和發育追蹤。
針對單細胞測序數據分析時的reads數、基因表達量及細胞數量判定過程中:以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標準,每個細胞的reads數大約在50k左右;每個細胞的基因中位數取決于樣本的細胞類型,例如成熟的B,T,粒細胞數量較多的組織中,由于該類型細胞表達的基因數普遍較少,導致基因中位數下降。而某些疾病組織、或者體外培養的如干細胞等,他們的基因表達數較高,甚至可以超過1W,這就導致該類樣本基因中位數非常高。因此,我們對細胞數量以及基因中位數確認時,需要考察實際組織的細胞組成。
針對單細胞測序的細胞上樣數,為什么不建議捕獲到的細胞數量越高越好?一味地追求高數量的細胞捕獲可能會存在一些問題。例如在上機細胞懸液濃度固定時,如果目標細胞捕獲數增加到8000甚至10000,上樣細胞懸液體積勢必增加,在細胞懸液質量不是很理想(細胞活性<90%、碎片率>5%、結團率均>5%)的情況下,引入的背景信號會增加,分析結果不理想的直接體現包括:cell、non-cell無法有效區分和Fraction reads in cells偏低。當cell和non-cell無法有效區分時,會使得數據出現假陽性和假陰性結果!當目標細胞捕獲數很大時,多細胞率會增加,數據分析時,此部分“cell”表現為基因檢測數和UMI檢測數是正常cell的N倍(N是一個GEM包裹的細胞數),導致所有細胞的統計數據(單個細胞基因檢測中位數、單個細胞UMI檢測中位數)虛高。此部分“cell”雖然可以通過設置數據分析閾值進行過濾,但是容易會有此類數據的殘留和正常高基因檢測細胞的人為去除!烈冰斥巨資引進Novaseq6000,開啟更大通量測序新紀元。
烈冰生物成立于2010年,與時俱進,堅持為科研學者提供國際前沿的高通量測序實驗和深度的生物信息數據分析服務,已逐步發展為單細胞多組學檢測服務****。專注于“單細胞測序系列技術服務”的專精領域,在上海、北京、廣州、西安和江西等地擁有數千平辦公場所,并布局多中心產品研發生產基地和營銷、運營中心。2016年起連續被評為上海市****,60+項自主知識產權,轉化率近80%。產品覆蓋從單細胞測序,核測序,單細胞多組學,空間轉錄組測序等多組學聯合的實驗+數據分析全流程服務平臺。為600+國內高校和醫院、5000+深度合作學者用戶、10000+生命科學探索的重要科研項目在醫藥開發、科學研究、醫學及臨床研究,疾病分子標志物篩選、生命和神經發育研究等提供多層次、多組學檢測服務和解決方案,助力300+CNS國際學術期刊文章發表,30+篇單細胞技術聯合(助力)發文,IF 10+文章占比>65%。測序的革新讓科學研究從個體基因差異逐漸轉為個體細胞的基因差異。杭州單細胞測序服務公司
BD平臺基于cyto-seq技術,實現細胞和磁珠的一對一結合。蘇州single cell RNA單細胞測序服務公司
作為單細胞測序的又一個重要里程碑,BD Rhapsody單細胞捕獲平臺整合了儀器、試劑盒和基礎信息學軟件,能精確對接illumina測序儀,因此可實現大量大細胞的快速高效標記、測序和分析,獲得單細胞水平的基因表達譜和差異情況,并通過對復雜細胞群體進行深入細致分析,繪制大規模單細胞表達圖譜。 以量化細胞內的群體異質性,并逐個鑒定細胞類型、細胞狀態和動態細胞躍遷。除了有望鑒定新的細胞亞型和稀有細胞群體,單細胞技術還能更好地了解轉錄動態和基因調控關系。蘇州single cell RNA單細胞測序服務公司
上海烈冰生物醫藥科技有限公司位于江月路999號奇亞特中心22幢,交通便利,環境優美,是一家服務型企業。公司致力于為客戶提供安全、質量有保證的良好產品及服務,是一家有限責任公司(自然)企業。公司擁有專業的技術團隊,具有單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序等多項業務。烈冰生物將以真誠的服務、創新的理念、***的產品,為彼此贏得全新的未來!