二代測序技術在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencingbysynthesis)和大規模平行測序技術(massiveparallelanalysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如IlluminaSolexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構建、簇生成、測序和數據分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3和5端接上3種序列:1)Index,用于區分樣品來源;2)Adapter,用于結合測序通道上的位點;3)Primerbindingsite,用于結合PCR引物啟動擴增反應。
烈冰引進國際主流單細胞和空間轉錄組測序平臺,保障細胞精度的前提下提供組織內部精細區域的空間信息。南京二代測序單細胞測序服務機構
單細胞測序技術(SingleCellSequencing)從一種新興的研究角度,借助已有的高通量測序手段,幫助研究者在樣本中細胞的異質性、免疫微環境、發育學、免疫學以及其他領域中進行單細胞層面的數據解析,解決了BulkPopulationSequencing所無法解決的問題。這樣一個新的研究領域必然也需要足夠可靠的實驗手段來支撐。BDRhapsody單細胞分選系統為此提供了完善的硬件設備,保證了從單細胞懸液質量評估到單細胞分選標記過程中每一個實驗步驟的準確質控。NovelBio單細胞實驗團隊借助BDRhapsody單細胞分選系統,在實驗實施層面對單細胞測序結果的可靠性提供了強有力的保證。繼單細胞懸液制備之后,又在另一道關鍵關卡提供了可靠的支持,幫助研究者在單細胞測序領域收獲更多的成果。10X Genomics單細胞測序多組學測序個性化制定測序項目方面,滿足從檢測基因到蛋白的多組學測序要求。
針對樣本活性的問題,10×Genomics官方建議當單細胞懸液活性低于70%時應做去除死細胞操作,但也需要注意到,去除死細胞的操作會損失一定的細胞數量,10×Genomics和MiltenyiBiotec都沒有給出單細胞懸液含有多少細胞數量才建議做去除死細胞的操作。基于烈冰多年單細胞測序實驗經驗,建議當細胞懸液進行質量和活性檢測后,考慮對細胞活性在50%-70%的懸液進行去除死細胞的操作。而太低活性的懸液(小于30%),懸液中細胞大量死亡,可能已經丟失了原組織內的細胞比例和狀態,失真嚴重,建議重新收集樣本進行新的實驗,保證數據的高質量和實驗結果的準確性。
基于10XGeomics動態微流控技術,利用Tn5轉座酶酶切開放染色質,形成短片段,單細胞ATAC測序在表觀基因組學水平上,揭示單細胞染色質的可及性問題,區分細胞異質性,獲得開放染色質的位置、轉錄因子的結合位點、核小體的調控區域和染色質狀態等信息,是單細胞表觀遺傳學的重要突破:分析每個細胞數千個獨特的染色質開放區域,識別細胞類型和細胞狀態;識別重要的轉錄因子,進行譜系和發育追蹤;探究驅動細胞類型和狀態之間基因表達差異的非編碼序列;探究細胞類型特異性和基因調控網絡特征等。是當前重要的多組學研究基因表達和表觀遺傳學的手段。全線搭建10X Genomics Chromium X單細胞實驗測序平臺。
關于10XGenomics單細胞平臺的樣本類型和樣本制備:10X平臺在上機前需要注意細胞消化后的細胞團塊,獲得分離良好的細胞懸液、無細胞隨便、極少的細胞團塊,且細胞活力高(>70%);此外,了解您所研究細胞的大小范圍也很重要。細胞大小通常與細胞表達的轉錄本數量有關。各種尺寸不同的細胞(一般直徑不大于50μm)均可與我們基因表達解決方案中使用的10XGenomics平臺兼容。一般來說,細胞制備方案將根據組織來源和細胞類型而變化。每種組織類型都是獨特的,因此,必須在開始任何單細胞實驗之前優化樣本制備,烈冰多年樣本解離消化經驗,累積10+物種、50+組織的消化protocol,若您的樣本為組織,且尚未成功將組織樣本消化成單細胞懸液,烈冰將盡可能提供技術及實驗上的幫助。全線搭建10x Genomics單細胞測序平臺。武漢二代測序單細胞測序價格
烈冰測序數據分析平臺,不依賴已有物種信息,可研究非模式物種,針對不同平臺的數據,制定多套流程;南京二代測序單細胞測序服務機構
單細胞測序結果動輒上百G數據量,龐大的數據對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,首先針對下機數據的質控環節:單細胞測序產生數億的結果序列,不可避免的會出現低質量的測序結果,存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質量評估就會變得極為重要。序列質量主要通過測序質量值Q20/Q30的占比來表征,即堿基測序結果的錯誤率在1%/0.1%以下的比例。理想的測序結果reads的堿基質量均高于30。保證數據獲得后的處理結果的準確性,為后續細胞類型鑒定和功能分析打下堅實基礎。南京二代測序單細胞測序服務機構
上海烈冰生物醫藥科技有限公司坐落在江月路999號奇亞特中心22幢,是一家專業的生物科技、醫藥科技、信息科技、計算機科技領域內的技術開發、技術服務、技術轉讓、技術咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調查(不得從事社會調查、社會調研、民意調查、民意測驗),從事貨物及技術的進出口業務,計算機、軟件及耗材(除專控),軟件開發【依法須經批準的項目,經相關部門批準后方可開展經營活動】公司。公司目前擁有較多的高技術人才,以不斷增強企業重點競爭力,加快企業技術創新,實現穩健生產經營。公司業務范圍主要包括:單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序等。公司奉行顧客至上、質量為本的經營宗旨,深受客戶好評。公司深耕單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序,正積蓄著更大的能量,向更廣闊的空間、更寬泛的領域拓展。