單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年Science 雜志評選的科學突破。常規單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息,而單細胞空間轉錄組技術在進行單細胞轉錄組測序的同時保留并記錄了細胞的空間位置信息??臻g轉錄組技術能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環境,將成為發育生物學、神經生物學、免疫生物學等領域的研究利器??臻g轉錄組測序以分子方式定義病理,完成了病理數字化結合病理影像化的革新。武漢BD Rhapsody空間轉錄組平臺
相比于常規的測序手段,空間轉錄組測序有幾個明顯的優勢:1.將轉錄組信息與空間信息對應,體現組織內部的異質性:每個區域獨特的條形碼使測序結果與空間位置形成一一對應關系。雖然暫時還無法精細到單細胞層面,但是這樣的區域劃分也已經足以展現出組織內部不同區域間的轉錄組差異。2.不影響對全組織進行分析:芯片上捕獲的全轉錄組在同一個反應中完成測序,能有效降低多次重復實驗中的誤差。測序結果如果不按照條形碼歸類,則直接體現的是切片全組織的轉錄組情況,無需再做單獨檢測。3.為進一步的研究提供指導意見:常規的轉錄組測序,對后續實驗的指導仍然停留在全組織層面。而空間轉錄組測序則可以標識出更有價值的研究區域,引導研究者將組織進一步細分。烈冰生物空間轉錄組服務機構十二年測序經驗,烈冰生物空間轉錄組領域的佼佼者。
機體為響應各種應激,其細胞會從一種功能“狀態”轉變為另一種功能“狀態”;當細胞在不同狀態之間轉變時,往往會經歷轉錄重組,導致一些基因被“沉默”,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態細胞進行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態。擬時序分析,即根據不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況,構建細胞譜系發育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細胞形態。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉化和變化進行描述。
烈冰科技作為國內同時擁有10XGenomics和BDRhapsody雙分選平臺的測序服務商及云計算服務供應商,經過多年實戰,擁有豐富的單細胞懸液制備和分選經驗,實測BDRhapsody對能夠高效捕獲粒細胞。針對不同的分選平臺、建庫方法,實戰總結搭建出不同的數據預處理工作流程;烈冰科技NovelBrain®生物大數據平臺能有效支撐生命科學研究、醫療健康等領域對大數據分析的需求。完備的高通量測序實驗平臺,包括NovaSeq6000、10XChromiumX、BDFACSMelody、PANNORAMIC數字切片掃描儀等,配合一支來自海內外名校、多學科交叉型的高素質綜合團隊,為您的科學研究保駕護航??臻g轉錄組可展示組織切片中不同區域的基因表達情況,揭示精細病理區域的信號通路。
烈冰生物真正實現空間轉錄組測序的全程把控,做到從實驗設計、空間信息標記、建庫測序、定制化分析的全流程一站式服務,助力高分文章發表;專業實驗團隊保證樣本的高度一致性;專業的生物學團隊提供個性化的產品應用場景解讀、保持對生物學意義的關注;強大的生信分析團隊一對一地進行詳實科學的實驗方案設計并提供多次售后分析;可接受樣品類別為冰凍組織:新鮮樣本經液氮預冷的異戊烷速凍,-80℃保存OCT包埋組織:新鮮組織異戊烷速凍后進行OCT包埋,或新鮮組織直接OCT包埋后-80℃速凍,注意標明樣本方向,樣本于-80℃保存樣本處理和運輸過程需要在低溫環境全線搭建10x Genomics空間轉錄組測序平臺。廈門scRNA空間轉錄組測序服務
烈冰智造空間轉錄組細胞捕獲,媲美國際主流的單細胞平臺。武漢BD Rhapsody空間轉錄組平臺
冰凍切片的空間轉錄組測序在RNA捕獲、文庫構建方面,需要將組織切片貼合在帶有mRNA結合捕獲探針的載玻片上,通過甲醛固定、H&E染色得到組織切片的形態結構。再進行透化處理,使細胞中的mRNA釋放,并結合到芯片相鄰的捕獲探針上。將捕獲的mRNA反轉錄合成cDNA并構建測序文庫進行上機測序,從而獲取基因表達信息??傮w來說,空間轉錄組的實驗流程包括:組織凍存-OCT包埋-冷凍切片-固定染色-組織透化-cDNA合成及建庫-上機測序,而需要客戶進行樣本準備的步驟相對簡單:組織凍存與OCT包埋。武漢BD Rhapsody空間轉錄組平臺
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