RNA測序(RNA-seq)是轉錄組學研究的重要工具,也是生命科學領域常用的技術之一。相比于傳統通路研究低維度、低通量的局限性,轉錄組學有以下優勢:1)能夠動態考察細胞基因組的表達,多維度地反映差異變化;2)可用于研究占RNA絕大部分的非編碼RNA,研究其結構以及在細胞生命活動中的重要調控作用;3)與蛋白組學研究相互補充,多角度呈現細胞水平的變化信息。作為轉錄組學研究的技術基礎,RNA測序技術也在不斷地更新迭代,現如今更大通量、更深精度的測序為眾多科研和醫學工作者提供了豐富的工具和探索真理的手段。烈冰科技成立10余年,為科研學者提供專注的測序數據分析服務。寧波烈冰科技空間轉錄組測序
基因測序是基因檢測的方法之一,其又叫基因譜測序,是國際上公認的一種基因檢測標準。高通量測序技術是對傳統測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定,被稱為下一代測序技術(nextgenerationsequencing),足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deepsequencing)。基因測序相關產品和技術已由實驗室研究逐漸演變到臨床應用,可以說,基因測序技術將是下一個改變世界的技術。溫州scRNA空間轉錄組技術支持空間轉錄組測序以分子方式定義病理,完成了病理數字化結合病理影像化的革新。
空間組測序技術,作為現階段單細胞技術的重要補充技術進入了組學的實驗領域以及生物信息學的分析領域。通過單細胞測序(單細胞表達尺度)+空間轉錄組測序(空間表達尺度)+數字病理(臨床診斷尺度)聯合分析可在空間和時間上描述不斷演變的組織生態系統,多角度深入分析組織的形態特征、基因組學特征、表觀遺傳調控因子以及樣本中的免疫微環境。不同于單細胞測序分析的需求-分析-需求-分析的模式,空間轉錄組分析實際上是非常需要研究者和企業之間的互動的,尤其是對于組織切片的理解,一個在線互相交流空間轉錄組測序結果的系統也是空轉分析中不可或缺的一環,也是重中之重。
轉錄組分析指對細胞內所有轉錄產物的分析。轉錄組測序一般是對用多聚胸腺嘧啶(oligo-dT)進行親和純化的RNA聚合酶II轉錄生成的成熟mRNA和ncRNA進行高通量測序。相對于傳統的芯片雜交平臺,轉錄組測序無需預先針對已知序列設計探針,即可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測,提供更精確的數字化信號,是目前深入研究轉錄組復雜性的強大工具。FFPE空間轉錄組技術原理 為同時獲得空間表達和組織學背景信息,該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進行組織學染色和成像,然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進行表達定量。烈冰對于一個細胞群體中的每個細胞單獨進行建庫測序分析。
空間組學可以應用的方向:1.可以鑒定到疾病的空間位置異質性:對于阿爾茨海默癥的研宄可以探索到小神經質細胞趨向于阿爾茨海默神經班。 2.建立空間轉錄組圖譜構建個人空間轉錄組圖譜將極大提升科研人員對生物體組織間的細胞差異。3、描述胚胎發育及空間藍區胚胎發育的動態過程是科研人員一直為之著迷的,空間組學發展可以清晣的描繪胚胎發育的藍圖。除了皮膚、胰腺和骨頭組織外,其余樣本類型均可開展10xGenomics空間轉錄組研究。10xGenomics公司已經測試完畢的組織類型有:人:心勝、腎勝、卵巢、乳房、淋巴結、大腦、大腸、肺、脾臟小鼠:大腦、眼睛、心勝、腎勝、大腸、肝臟、肺、卵巢,四頭肌、小腸、脾勝、胃、翠丸、甲狀腺、舌頭大鼠:大腦、腎臟、心臟空間轉錄組測序技術的迅速發展和應用推廣,為從多維度揭示疾病進展提供了強有力的工具。廣州烈冰空間轉錄組數據分析
烈冰實驗室包含從樣本處理到測序下機的全套實驗平臺。寧波烈冰科技空間轉錄組測序
空間轉錄組數據可以用單細胞轉錄組數據的分析策略進行分析,例如,利用GO和Pathway分析篩選不同發育時期特定空間區域內的信號通路及其關鍵基因的較大情況,揭示在特定發育時期特定區域內發生的生物學過程。針對任何一個基因,空間轉錄組可以顯示表達該基因的點陣及其空間排布;單細胞轉錄組可以給出該基因表達的細胞類群;原位測序可以給出該基因在細胞內的表達狀況。通過不同發育時間點的信息比較,可以分析細胞類群在某個部位在不同時間點的差異,給出其在細胞內的真實的演變狀況。寧波烈冰科技空間轉錄組測序
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