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長沙二代測序單細胞測序平臺

來源: 發布時間:2022-08-24

二代測序技術在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencingbysynthesis)和大規模平行測序技術(massiveparallelanalysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如IlluminaSolexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構建、簇生成、測序和數據分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3和5端接上3種序列:1)Index,用于區分樣品來源;2)Adapter,用于結合測序通道上的位點;3)Primerbindingsite,用于結合PCR引物啟動擴增反應。


全線搭建10x Genomics單細胞測序平臺。長沙二代測序單細胞測序平臺

單細胞轉錄組測序是在單細胞水平上高通量測序分析基因表達譜的技術,突破傳統高通量測序的局限性,組織解離后,單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細胞,基于每個細胞分別建庫測序,獲得單個細胞的基因結構和基因表達狀態,并鑒定細胞的類型,可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較,反映細胞間的異質性。而2021年橫空出世的10XGenomicsChromiumX平臺實現了單塊chip上的百萬級別通量的細胞捕獲,系統實現16個通道同時運行,每個通道可捕獲2000-20000個細胞(不混樣),并支持原ChromiumController體統外的多種細胞捕獲百萬級別通量實驗,可準確鑒別稀有細胞類型和適配大規模單細胞研究。長沙二代測序單細胞測序平臺烈冰生物為您提供多平臺一站式全流程單細胞測序服務。

烈冰生物搭建近10臺10XGemomics平臺,目前為全國范圍內的高校、醫院和研究所等單位的科研學者提供鼓舞,10X微流體“雙十字”交叉系統為8或16通道系統,每個通道上限可捕獲20000細胞,16通道一次可檢測細胞范圍為百萬級別的細胞水平。此外,單個細胞捕獲效率高達65%,可準確鑒別稀有細胞類型,利于稀有樣本或小細胞量類型樣本研究;細胞可適性高,對細胞大小(直徑超過40um細胞需要制備成細胞核)及類型無限制。細胞捕獲周期較短,能夠實現自動分離,無需人工操作,1天內可完成從細胞懸液到cDNA文庫構建的所有的測序準備工作。

FluidigmC1平臺作為應用于單細胞測序(SingleCellRNASequencing)領域的商業化分選技術,基于富魯達(Fluidigm®)的微流控技術,大約在幾個小時中可以捕獲96個左右的細胞,進行各類的Single-Cell測序建庫。當然,通量還是比較小。但不可否認的是,現在很多非RNA類SingleCell測序,仍然在采用這樣的技術,如SingleCellDNA-Seq,SingleCellATAC-Seq等,都是采用此技術進行單細胞分選后再分別用不同試劑盒建庫。所以可以說,至少在10X和BD,或者其他企業推出有效的SingleDNA測序技術之前,C1仍然會是市場上的重要組成部分。測序可準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記(SNPs或SSR)等生命科學重要問題。

單細胞測序結果動輒上百G數據量,龐大的數據對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,首先針對下機數據的質控環節:單細胞測序產生數億的結果序列,不可避免的會出現低質量的測序結果,存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質量評估就會變得極為重要。序列質量主要通過測序質量值Q20/Q30的占比來表征,即堿基測序結果的錯誤率在1%/0.1%以下的比例。理想的測序結果reads的堿基質量均高于30。保證數據獲得后的處理結果的準確性,為后續細胞類型鑒定和功能分析打下堅實基礎。ATCG堿基的排列組合構成了測序的龐大世界。西安二代測序單細胞測序商業化服務

截至2021年10月,烈冰助力發表單細胞測序文章近20篇。長沙二代測序單細胞測序平臺

針對樣本活性的問題,10×Genomics官方建議當單細胞懸液活性低于70%時應做去除死細胞操作,但也需要注意到,去除死細胞的操作會損失一定的細胞數量,10×Genomics和MiltenyiBiotec都沒有給出單細胞懸液含有多少細胞數量才建議做去除死細胞的操作。基于烈冰多年單細胞測序實驗經驗,建議當細胞懸液進行質量和活性檢測后,考慮對細胞活性在50%-70%的懸液進行去除死細胞的操作。而太低活性的懸液(小于30%),懸液中細胞大量死亡,可能已經丟失了原組織內的細胞比例和狀態,失真嚴重,建議重新收集樣本進行新的實驗,保證數據的高質量和實驗結果的準確性。長沙二代測序單細胞測序平臺

上海烈冰生物醫藥科技有限公司屬于醫藥健康的高新企業,技術力量雄厚。公司致力于為客戶提供安全、質量有保證的良好產品及服務,是一家有限責任公司(自然)企業。公司始終堅持客戶需求優先的原則,致力于提供高質量的單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序。烈冰生物自成立以來,一直堅持走正規化、專業化路線,得到了廣大客戶及社會各界的普遍認可與大力支持。

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