高通量測序技術(High-throughputsequencing)又稱“下一代”測序技術(“Next-generation”sequencing),以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。高通量測序技術是對傳統測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定,因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(nextgenerationsequencing)足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deepsequencing)。而烈冰科技具有專業生物背景和十二年科研服務經驗,已助力Nature,immunity等在內的300+篇CNS文章發表。深度的空間轉錄組測序數據解讀助力生物健康醫療時代。無錫高通量測序空間轉錄組平臺
空間轉錄組測序的數據質量和玻片有效區域的利用率、貼片的質量和透化時間息息相關。貼片質量不良會影響總的有效spot數等;而透化不合理會導致spot的reads數、基因中位數等參數。而在特異性基因表達方面,我們也可以統計空間轉錄組群體的特異性基因表達即Markergene,將他們在組織切片以及空轉上進行著色。我們也可以對于任意一個已知的基因或者數據庫中的一些細胞Marker,然后將其在基因表達在空間轉錄組的切片以及HE染色上展示自己的基因表達進而了解,群體中的可能的細胞組成關系。北京上海烈冰生物空間轉錄組測序服務烈冰生物全轉錄組測序通過雙文庫構建,實現多種RNA的一網打盡。
當組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉錄組芯片上時,通過透化處理,細胞內的mRNA釋放出來,從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉錄,得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機測序,可以將每個mRNA轉錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。Visium空間轉錄組的重點在于芯片部分:正式文庫構建的芯片上有4個捕獲區域(6.5mmX6.5mm,可以檢測4個樣本)每個捕獲區域含有約5000個被條形碼標記的點(barcodedspots)每個spot直徑55μm,每個spot能捕獲1-10個細胞spot與spot中心點之間的距離為100μm每個spot含有上百萬個可以與mRNA結合的捕獲探針,每個探針上都帶有獨特的spatialbarcodes,用以標記捕獲的mRNA的空間位置。
10XGenomics和Drop-Seq的技術原理。是利用十字交叉的通道,從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,縱向孔道輸入細胞,凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術,將之輸入到油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴后輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的CellBarcode和UMIBarcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligodT抓住mRNA構建文庫,進而完成細胞中RNA的捕獲過程。經驗豐富的實驗團隊,為獲得示組織內真實表達水平的高質量冷凍切片提供硬件和技術保障。
在發育過程或疾病發生過程中,組織內部的不同細胞經歷了復雜的生物學過程,因此,組織內部的異質性研究是目前揭示重要生物學研究的一個重要研究手段。組織內部的異質性包括細胞類型的異質性和空間位置的異質性兩個層面,細胞類型異質性可由單細胞測序來完美呈現,而空間位置的異質性,則需要可高通量地檢測全轉錄組空間信息的新型研究方法來解決。烈冰生物真正實現空間轉錄組測序的全程把控,做到從實驗設計、空間信息標記、建庫測序、定制化分析的全流程一站式服務,助力高分文章發表。豐富的測序和數據分析經驗,烈冰配套全程個性化、定制化地數據分析服務。寧波烈冰空間轉錄組數據分析可視化
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空間轉錄組研究的的必耍性:研究單細胞是想要探究細胞間的異質性,但是常規的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液,然后利用單細胞分離技術(微孔,微板,液滴)等方法實現單細胞建庫,這里比較大的問題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中是非常重要。特別是在研究細胞命運機制及細胞譜系發生空間位置的信息顯得尤為重要,因此發展空問轉錄組技術實現細胞的位置信息的保留,對研究此類細胞狀態尤為必要。無錫高通量測序空間轉錄組平臺
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