當組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉錄組芯片上時,通過透化處理,細胞內的mRNA釋放出來,從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉錄,得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機測序,可以將每個mRNA轉錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。Visium空間轉錄組的重點在于芯片部分:正式文庫構建的芯片上有4個捕獲區域(6.5mmX6.5mm,可以檢測4個樣本)每個捕獲區域含有約5000個被條形碼標記的點(barcodedspots)每個spot直徑55μm,每個spot能捕獲1-10個細胞spot與spot中心點之間的距離為100μm每個spot含有上百萬個可以與mRNA結合的捕獲探針,每個探針上都帶有獨特的spatialbarcodes,用以標記捕獲的mRNA的空間位置。測序的革新讓科學研究從個體基因差異逐漸轉為個體細胞的基因差異。杭州高通量測序空間轉錄組服務機構
烈冰配置了LEICA CM1950冷凍切片機,搭配切片經驗豐富的實驗團隊,可以提供一致性更高、實驗操作更精細的冷凍切片準備方案,保持密切高效的溝通,設計更適合的實驗方案,確保每一個實驗細節有效進行;烈冰升級配置尼康相差顯微鏡和CCD成像系統,更高清分辨率解析組織切片原始圖像信息,10X,20X,40X,60X更多物鏡選擇,為不同大小的樣本提供更清晰的圖像,更精細的圖像信息采集、拼接策略,為樣本內微小區域的組織學提供更清晰的影像;烈冰科技空間轉錄組平臺空間轉錄組測序以分子方式定義病理,完成了病理數字化結合病理影像化的革新。
機體為響應各種應激,其細胞會從一種功能“狀態”轉變為另一種功能“狀態”;當細胞在不同狀態之間轉變時,往往會經歷轉錄重組,導致一些基因被“沉默”,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態細胞進行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態。擬時序分析,即根據不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況,構建細胞譜系發育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細胞形態。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉化和變化進行描述。
空間轉錄組研究的的必耍性:研究單細胞是想要探究細胞間的異質性,但是常規的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液,然后利用單細胞分離技術(微孔,微板,液滴)等方法實現單細胞建庫,這里比較大的問題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中是非常重要。特別是在研究細胞命運機制及細胞譜系發生空間位置的信息顯得尤為重要,因此發展空問轉錄組技術實現細胞的位置信息的保留,對研究此類細胞狀態尤為必要。空間轉錄組測序技術提供了空間轉錄組水平下的科學研究視角。
空間組學可以應用的方向:1.可以鑒定到疾病的空間位置異質性:對于阿爾茨海默癥的研宄可以探索到小神經質細胞趨向于阿爾茨海默神經班。 2.建立空間轉錄組圖譜構建個人空間轉錄組圖譜將極大提升科研人員對生物體組織間的細胞差異。3、描述胚胎發育及空間藍區胚胎發育的動態過程是科研人員一直為之著迷的,空間組學發展可以清晣的描繪胚胎發育的藍圖。除了皮膚、胰腺和骨頭組織外,其余樣本類型均可開展10xGenomics空間轉錄組研究。10xGenomics公司已經測試完畢的組織類型有:人:心勝、腎勝、卵巢、乳房、淋巴結、大腦、大腸、肺、脾臟小鼠:大腦、眼睛、心勝、腎勝、大腸、肝臟、肺、卵巢,四頭肌、小腸、脾勝、胃、翠丸、甲狀腺、舌頭大鼠:大腦、腎臟、心臟國產化PanoCell空間轉錄組測序平臺,提供高性價比服務方案。武漢BD空間轉錄組技術支持
烈冰智造空間轉錄組細胞捕獲,媲美國際主流的單細胞平臺。杭州高通量測序空間轉錄組服務機構
烈冰科技自主研發的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數據,深入解讀數據分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統穩定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!此外,烈冰生信團隊根據豐富的實戰經驗為用戶量身打造了一款單細胞測序結果解讀的神兵利器——單細胞瀏覽器(SingleCellBrowser),不僅可以將海量復雜的結果文件可視化,還可以實現分析結果的三維立體化的展示呈現。專業的生信代碼交給專業的烈冰,專業的生物學意義交給專業的您!杭州高通量測序空間轉錄組服務機構
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