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重慶scRNA空間轉(zhuǎn)錄組測序

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-09-06

RNA測序(RNA-seq)是轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的重要工具,也是生命科學(xué)領(lǐng)域常用的技術(shù)之一。相比于傳統(tǒng)通路研究低維度、低通量的局限性,轉(zhuǎn)錄組學(xué)有以下優(yōu)勢:1)能夠動(dòng)態(tài)考察細(xì)胞基因組的表達(dá),多維度地反映差異變化;2)可用于研究占RNA絕大部分的非編碼RNA,研究其結(jié)構(gòu)以及在細(xì)胞生命活動(dòng)中的重要調(diào)控作用;3)與蛋白組學(xué)研究相互補(bǔ)充,多角度呈現(xiàn)細(xì)胞水平的變化信息。作為轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的技術(shù)基礎(chǔ),RNA測序技術(shù)也在不斷地更新迭代,現(xiàn)如今更大通量、更深精度的測序?yàn)楸姸嗫蒲泻歪t(yī)學(xué)工作者提供了豐富的工具和探索真理的手段。烈冰對于一個(gè)細(xì)胞群體中的每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)進(jìn)行建庫測序分析。重慶scRNA空間轉(zhuǎn)錄組測序

10XVisium的實(shí)驗(yàn)主要分為兩部分:組織學(xué)板塊和組學(xué)板塊。組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像,記錄切片的形態(tài)學(xué)信息;組學(xué)板塊包括cDNA的合成、擴(kuò)增、接頭連接和測序,記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息。具體實(shí)驗(yàn)流程如下:A、切片制備和優(yōu)化:取新鮮組織、冷凍、切片,并進(jìn)行HE染色成像,優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域。B、切片固定和透化:將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上,并進(jìn)行固定和透化,使細(xì)胞中的mRNA得到釋放,并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上,從而獲取基因表達(dá)信息。C、逆轉(zhuǎn)和文庫構(gòu)建:以捕獲的RNA為模板,進(jìn)行cDNA合成,和測序文庫制備。D、高通量上機(jī)測序:對制備好的測序文庫,進(jìn)行二代高通量短讀長測序。E、數(shù)據(jù)可視化分析:結(jié)合HE結(jié)果,確定哪些基因有表達(dá),表達(dá)量高低,以及這些基因的空間位置信息合肥scRNA空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化服務(wù)空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)提供了空間轉(zhuǎn)錄組水平下的科學(xué)研究視角。

烈冰與國內(nèi)高校、研究所、醫(yī)院和藥企單位開展深度合作,服務(wù)于600+臨床與研究機(jī)構(gòu),1000+客戶和5000+重要科研項(xiàng)目,助力并聯(lián)合發(fā)表300+篇CNS等國際學(xué)術(shù)期刊(不完全統(tǒng)計(jì)),在單細(xì)胞領(lǐng)域,烈冰助力用戶發(fā)表單細(xì)胞文獻(xiàn)30+篇,總IF>300+,IF>10+以上文章占比65%以上,包含Immunity、NatureCellBiology、NaturePlants、AdvancedScience等生物領(lǐng)域國際主流學(xué)術(shù)期刊,已發(fā)表文章研究領(lǐng)域涵蓋包括COVID-19研究、疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移機(jī)制,免疫研究、腦神經(jīng)、白血病、胚胎發(fā)育、糖尿病、退行性疾病和植物領(lǐng)域研究等。

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)流程:1、組織優(yōu)化由于不同物種、組織來源的樣本所需的比較好透化時(shí)間不盡相同,在正式開展空間轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒?yàn)前,需要利用組織優(yōu)化kit進(jìn)行條件的摸索。組織優(yōu)化芯片上包含8個(gè)捕獲區(qū)域,每個(gè)區(qū)域均覆蓋了熒光標(biāo)記探針,可捕獲mRNA形成帶有熒光標(biāo)簽的cDNA,隨即可通過熒光成像結(jié)果判定比較好透化時(shí)間及組織優(yōu)化條件。2、空間轉(zhuǎn)錄組測序確定組織優(yōu)化條件后,即可進(jìn)行切片、H&E染色及成像、空間轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建及測序分析流程。強(qiáng)勢發(fā)文!烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測序助力揭示愈傷組織能再生的機(jī)制。

單細(xì)胞測序技術(shù)是一種在單細(xì)胞水平上對基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀組等進(jìn)行高通量測序分析的技術(shù)。單細(xì)胞測序技術(shù)能夠在組學(xué)水平揭示細(xì)胞間的異質(zhì)性。單細(xì)胞水平細(xì)胞譜系追蹤技術(shù)位居2018年Science 雜志評選的科學(xué)突破。常規(guī)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)丟失了細(xì)胞在原組織中至關(guān)重要的空間位置信息,而單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的同時(shí)保留并記錄了細(xì)胞的空間位置信息。空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細(xì)胞間的相互作用以及細(xì)胞所處的微環(huán)境,將成為發(fā)育生物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、免疫生物學(xué)等領(lǐng)域的研究利器。截至2021年10月,烈冰助力發(fā)表空間轉(zhuǎn)錄組測序文章近20篇。廈門烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)

高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次翻天覆地的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進(jìn)行測定。重慶scRNA空間轉(zhuǎn)錄組測序

其實(shí),空間轉(zhuǎn)錄組的概念早就已經(jīng)存在了,目前已經(jīng)發(fā)表的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。但是這些方法存在操作復(fù)雜、檢測精度不準(zhǔn)確、基因和細(xì)胞檢測量的限制等問題。10xGenomics公司升級spatialTranscriptomic后推出的Visium空間基因表達(dá)解決方案是一款商業(yè)化的高精度、高通量空間轉(zhuǎn)錄組測序方案。烈冰科技自2020年起,國內(nèi)率先搭建空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)平臺(tái),聯(lián)合上線單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序、AbSeq、單細(xì)胞TCR-Seq、單細(xì)胞ATAC-Seq(ARCHR測序)、空間轉(zhuǎn)錄組測序產(chǎn)品結(jié)合scRNA-Seq服務(wù),多組學(xué)聯(lián)合助力科研人員探索時(shí)空等多維度、多角度的動(dòng)態(tài)變化的生物學(xué)信息。烈冰生物為您提供貼心的單細(xì)胞研究完整解決方案!重慶scRNA空間轉(zhuǎn)錄組測序

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