空間組測序技術,作為現階段單細胞技術的重要補充技術進入了組學的實驗領域以及生物信息學的分析領域。通過單細胞測序(單細胞表達尺度)+空間轉錄組測序(空間表達尺度)+數字病理(臨床診斷尺度)聯合分析可在空間和時間上描述不斷演變的組織生態系統,多角度深入分析組織的形態特征、基因組學特征、表觀遺傳調控因子以及樣本中的免疫微環境。不同于單細胞測序分析的需求-分析-需求-分析的模式,空間轉錄組分析實際上是非常需要研究者和企業之間的互動的,尤其是對于組織切片的理解,一個在線互相交流空間轉錄組測序結果的系統也是空轉分析中不可或缺的一環,也是重中之重。烈冰全線實驗平臺滿足超深度、大規模發現和復雜疾病研究的測序。北京BD空間轉錄組多組學測序
10xGenomics空間轉錄組用于文庫構建的每張載玻片上有四個捕獲區域,每個捕獲區域的大小為6.5x6.5mm,包含5000個被條形碼標記的點(barcodedspots),每個點的直徑為55μm,點和點之間中心的距離為100μm,并且每個點都有一個barcode序列。組織切片的細胞中會釋放出mRNA,遷移到每個spot的mRNA會被標記上相應的barcode序列,然后進行文庫構建并進行測序。根據數據的條形碼信息對數據進行分析,以確定哪些數據來自哪個位置,從而實現空間基因表達的可視化。深圳高通量測序空間轉錄組數據分析可視化經驗豐富的實驗團隊,為獲得示組織內真實表達水平的高質量冷凍切片提供硬件和技術保障。
當組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉錄組芯片上時,通過透化處理,細胞內的mRNA釋放出來,從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉錄,得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機測序,可以將每個mRNA轉錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。Visium空間轉錄組的重點在于芯片部分:正式文庫構建的芯片上有4個捕獲區域(6.5mmX6.5mm,可以檢測4個樣本)每個捕獲區域含有約5000個被條形碼標記的點(barcodedspots)每個spot直徑55μm,每個spot能捕獲1-10個細胞spot與spot中心點之間的距離為100μm每個spot含有上百萬個可以與mRNA結合的捕獲探針,每個探針上都帶有獨特的spatialbarcodes,用以標記捕獲的mRNA的空間位置。
烈冰生物已空間轉錄組測序服務提供從一個組織切片樣本中獲取包括空間信息在內的全部轉錄組數據,從而可以區分和定位功能基因在特定組織區域內的活躍表達。其可以檢測組織樣本中的所有基因活動,并繪制活動發生的位置,這將有助于科學家更好地構建生物圖譜,并進一步理解疾病和生物學過程。目前,空間轉錄組主要應用于多種疾病、免疫、發育、神經和病理學等研究領域。烈冰生物具有專業的實驗團隊、豐富的切片經驗,配置了國際主流的儀器設備,實驗團隊針對不同組織類型優化完善實驗方案,并制定了嚴謹規范的實驗室SOP流程,保證空間轉錄組切片的質量,全優保障測序數據質量。附加流式分選細胞表面Marker,對于較低分辨率的標志物也能有效鑒定,助力高要求測序項目。
烈冰與國內高校、研究所、醫院和藥企單位開展深度合作,服務于600+臨床與研究機構,1000+客戶和5000+重要科研項目,助力并聯合發表300+篇CNS等國際學術期刊(不完全統計),在單細胞領域,烈冰助力用戶發表單細胞文獻30+篇,總IF>300+,IF>10+以上文章占比65%以上,包含Immunity、NatureCellBiology、NaturePlants、AdvancedScience等生物領域國際主流學術期刊,已發表文章研究領域涵蓋包括COVID-19研究、疾病發生轉移機制,免疫研究、腦神經、白血病、胚胎發育、糖尿病、退行性疾病和植物領域研究等。高通量測序技術是對傳統測序一次翻天覆地的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。上海高通量測序空間轉錄組數據分析
空間轉錄組測序技術的迅速發展和應用推廣,為從多維度揭示疾病進展提供了強有力的工具。北京BD空間轉錄組多組學測序
在轉錄組學領域,空間轉錄組也開辟了新世界。Nature Methods在今年1月份將空間轉錄組學評價為2020年度方法,空間轉錄組方法近幾年越來越受到歡迎,它將帶領組學在生物學的研究上進入新的階段。從轉錄組測序到實現單細胞轉錄測序,這一過程為精確認識不同細胞類型提供了巨大的幫助?,F在,新的空間轉錄組方法不僅帶來轉錄組信息,同時還提供空間信息,幫研究者更好辨別轉錄的位置,進一步擴展到單細胞分辨率,這會更大程度提升科學家對單個細胞的認識和解讀。北京BD空間轉錄組多組學測序
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