ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是使用高通量測(cè)序?qū)n5轉(zhuǎn)座酶可接近的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行測(cè)序分析的一種研究技術(shù)；該技術(shù)由美國(guó)斯坦福大學(xué)的研究人員開發(fā)，2013年***發(fā)表在NatureMethods（Buenrostroetal.,2013）。通過(guò)轉(zhuǎn)座酶對(duì)特定時(shí)空下開放的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行切割，獲得在該時(shí)空下基因組中所有活躍轉(zhuǎn)錄的調(diào)控序列。應(yīng)用領(lǐng)域，通常并不單獨(dú)使用。作為檢測(cè)表觀遺傳-染色質(zhì)開放狀態(tài)現(xiàn)象的方式，與樣本基因表達(dá)譜緊密相連，從靶標(biāo)基因的表觀狀態(tài)關(guān)聯(lián)到表達(dá)水平，具有強(qiáng)大的數(shù)據(jù)挖掘作用。2.通過(guò)關(guān)聯(lián)基因組、外顯子，染色質(zhì)免疫共沉淀（組蛋白修飾或轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合）測(cè)序信息，形成：表觀調(diào)控-基因組-基因表達(dá)的完整調(diào)控鏈。 焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)基于QIAGEN公司的PyroMark Q96 ID平臺(tái)。山東技術(shù)服務(wù)怎么樣

    Agilent甲基化芯片通過(guò)SurePrint芯片合成**技術(shù)，結(jié)合優(yōu)化的探針設(shè)計(jì)及實(shí)驗(yàn)方法，可靈活進(jìn)行甲基化研究，得到高靈敏度、高特異性、高重復(fù)性的結(jié)果。技術(shù)流程：1.將基因組DNA超聲打斷成400-500bpDN**段；2.加熱變性并將變性后的單鏈DNA樣品分成兩份；3.其中一份單鏈DNA樣品加入抗5'-甲基化胞嘧啶核苷抗體。使用免疫磁珠法分離樣品中甲基化DN**段的抗體復(fù)合物，樣品中其余的非甲基化DN**段被洗脫；4.純化免疫共沉淀的DN**段；對(duì)MeDIP(Cy5)與Input(Cy3)樣品分別進(jìn)行標(biāo)記；5.標(biāo)記后的MeDIP與Input樣品混合、變性，與芯片雜交；6.檢測(cè)雜交信號(hào)并進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。芯片種類：Agilent**甲基化芯片，8x60K●和合作伙伴在Agilent公司定制的Promoter芯片。●絕大多數(shù)基因是針對(duì)基因啟動(dòng)子區(qū)域的CpG島設(shè)計(jì)探針。●芯片上一共有4160個(gè)功能注釋比較明確的基因，其中2128個(gè)和**發(fā)生有關(guān)系。●從功能上分，有256基因和細(xì)胞凋亡有關(guān)，1273個(gè)基因和信號(hào)傳導(dǎo)有關(guān)，487個(gè)基因和壓力和衰老有關(guān)。●特別適用于**甲基化研究。 廣東cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢?cè)粕锾峁┘谆?wù)。

血清甲基化用于乳腺*轉(zhuǎn)移早期篩查

Methylation patterns in serum

DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome

Med. 2017;22;9(1):115. (IF=

8.898)

本課題通過(guò)RRBS甲基化測(cè)序篩選組織(n=31)樣本, 確定了18個(gè)乳腺*特異性甲基化位點(diǎn)，選擇其中6個(gè)位點(diǎn)在大樣本量血清樣本(n=110)中得到進(jìn)一步驗(yàn)證; 并通過(guò)更大量血清樣本(n=1344), **終篩選出血清EFC#93甲基化位點(diǎn)為早期診斷和***轉(zhuǎn)移性乳腺*Biomarker。

    芯片平臺(tái)作為目前比較成熟的篩選工具，已經(jīng)在很多領(lǐng)域有了相應(yīng)的應(yīng)用。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應(yīng)的產(chǎn)品提供，其中應(yīng)用**為***的就Agilent平臺(tái)和Illumina平臺(tái)，相應(yīng)的產(chǎn)品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相應(yīng)的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經(jīng)停產(chǎn)。不同的芯片平臺(tái)，各自的實(shí)驗(yàn)過(guò)程也是不一樣的。安捷倫前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技術(shù)。將基因組DNA分成兩份，一份用來(lái)做MeDIP，另一份作為對(duì)照。兩個(gè)樣品都標(biāo)記熒光(富集的樣品用Cy5標(biāo)記，對(duì)照用Cy3標(biāo)記)，然后與芯片雜交。芯片上每個(gè)探針的Cy5/Cy3強(qiáng)度比例顯示出該區(qū)域的甲基化程度。 中小樣本篩選, 大樣本中進(jìn)一步驗(yàn)證。

    全基因組甲基化測(cè)序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測(cè)序技術(shù)相結(jié)合，對(duì)有參考基因組進(jìn)行全基因組范圍的單堿基分辨率的甲基化測(cè)序，是DNA甲基化檢測(cè)的“金標(biāo)準(zhǔn)”。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。技術(shù)優(yōu)勢(shì)DNA甲基化檢測(cè)**有力的工具單堿基分辨率，檢測(cè)每個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài)全基因組范圍，**限度地獲得甲基化信息適合所有有參考基因組的物種適合各種類型的樣本樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>30ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測(cè)序深度：>=30X信息分析基于全基因組范圍的甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，5mCCalling，5mC在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本甲基化差異聚類，差異甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項(xiàng)目背景和科學(xué)問(wèn)題的數(shù)據(jù)亮點(diǎn)挖掘。 WGBS技術(shù)及應(yīng)用是有力方案。陜西WGBS技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢

云生物提供DNA甲基化和羥甲基化的表觀實(shí)驗(yàn)和信息分析技術(shù)服務(wù)。山東技術(shù)服務(wù)怎么樣

熒光定量法（Methylight）

這種技術(shù)是在MSP技術(shù)上發(fā)展起來(lái)的，在MSP擴(kuò)增過(guò)程中利用熒光染料進(jìn)行定量。TaqMan? 探針?lè)ǖ膽?yīng)用使得該技術(shù)具有更高的精確性。其原理與SNP檢測(cè)類似，針對(duì)亞硫酸氫鹽處理之后的DN**段，在甲基化位點(diǎn)上會(huì)存在單堿基的差異，根據(jù)這種差異進(jìn)行探針設(shè)計(jì)，隨后進(jìn)行實(shí)時(shí)定量PCR，就能夠檢測(cè)甲基化的差異。這種方法**的優(yōu)勢(shì)在于其高敏感性和較高通量，且無(wú)需在PCR后電泳、雜交等操作，減少了污染和操作誤差。但是TaqMan? 探針訂購(gòu)費(fèi)用較高，適用于少數(shù)位點(diǎn)大量樣本篩選。 山東技術(shù)服務(wù)怎么樣