Hepatic

stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA

methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)

肝星狀細胞(HSC)是導致肝纖維化發生和進展的關鍵細胞類型。DNA羥甲基化與轉錄***有關，其模式在人類疾病中經常發生改變。研究者采用簡化基因組氧化-亞硫酸鹽測序(RRBS/oxRRBS)檢測靜止和******狀態的大鼠HSC細胞的5mC和5hmC水平，證實了5mC和5hmC在肝纖維化和HSC轉分化過程中的整體變化，表明DNA甲基化/羥甲基化是HSC***的關鍵步驟，可能會為支持纖維生成的分子事件帶來新的見解，并可能為疾病進展提供生物標志物以及潛在的新藥物靶點。 DNA甲基化對基因表達調控起著動態的重要作用。廣東RIP-seq技術服務經驗豐富

    隨著二代測序技術的告訴發展，測序成本大幅度下降，使得真正實現全基因組甲基化分析的研究成為可能。隨著人類甲基化圖譜繪制成功，已經陸續有多個物種的甲基化圖譜構建完成。研究者將傳統的DNA甲基化檢測方法，如亞硫酸氫鹽轉化與高通量測序相結合，可以實現單堿基精度的甲基化圖譜的構建。此外將成熟的MeDIP技術與二代測序相結合，可以快速有效地尋找基因組上的甲基化區域，從而比較不同細胞、組織、甚至疾病樣本間的DNA甲基化修飾模式的差異。因此該技術也特別適用于大樣本量的疾病表觀研究。第三代測序技術的出現，更是讓甲基化的直接測定成為可能。一年前，美國PacificBiosciences公司利用獨有的單分子實時(SMRT)測序技術，直接測定了DNA的甲基化。這項成果發表在《NatureMethods》雜志上。 山東單細胞測序技術服務甲基化驗證是甲基化研究必不可少的一環。

    WGBS送樣要求一、送樣類型基因組DNA、細胞、全血、動植物組織、FFPE二、保存方式1、基因組DNA、細胞、全血、動植物組織：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內)；保存期間避免反復凍融。2、FFPE樣本：室溫保存三、運輸條件1、基因組DNA：冰袋或者干冰運輸；2、細胞、全血、組織樣本：干冰運輸，順豐陸運（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；3、FFPE樣本：室溫運輸。四、樣本量要求1、基因組DNA：常規WGBS，不少于2ug；微量WGBS，20ng1）提供樣本DNA完整性質檢結果，例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100電泳等；2）提取基因組DNA，要加RNA酶，去除RNA污染；3）提取基因組DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到純水；樣本體積不超過100ul;4）提供Qubit檢測濃度，基于OD值的檢測方法，例如NanoDrop,會嚴重高估濃度。2、細胞樣本：常規WGBS，不少于5x10*6個細胞；微量WGBS，5000個細胞1）收集貼壁或者懸浮細胞、使用預冷的1×PBS，洗滌2次，600g離心5分鐘；2）***一次離心后，盡量去除上清PBS，保留細胞沉淀;3、全血樣本：2-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管，避免使用肝素抗凝管。4、動植物組織：動物組織，30mg以上;植物組織，不同組織。

    cfDNA，cellfreeDNA，就是血液中游離的自身DNA，這些DNA多是從身體的細胞或者白血球破裂釋放出來的，基本上都是無害的，不用多久會被自身清理掉。不過值得一提的是，當孕婦懷孕的時候，胎兒的DNA也會同時釋放到母親的血液里頭去，這是當前火熱的無創唐氏篩查的基礎。通過抽取母親的外周血測序分析其中的游離DNA就可以判斷胎兒是否存在整個染色體或者大片段DNA的變異。有研究已經證實，**患者外周血中的cfDNA總量，要高于健康人。通過這一點，雖然不能武斷的說cfDNA能成為**標志物，但是cfDNA的含量增多，能起到一個較好的提示作用，作為一個初篩的手段。基于cfDNA的液態活檢中，盡管ctDNA在**診斷中的應用是當下cfDNA*****，研究**深入的分支。但是，cfDNA作為液態活檢，不只是局限于**學。例如，有研究報道對于接受***移植手術的病人，可以通過監測術后外周血中具有捐獻者基因特征，片段化的cfDNA含量變化，來評估移植***的排斥情況。 TBS具有高深度、定量、高準確性 。

    cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內)；保存期間不能凍融。三、運輸條件干冰運輸：順豐陸運（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管，公司配送）；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時以上，不超過8小時，進行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細胞，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進行，如果客戶沒有冷凍離心機，也可以在室溫條件下進行；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。 焦磷酸測序技術服務基于QIAGEN公司的PyroMark Q96 ID平臺。上海RRBS技術服務共同合作

6mA在細菌、藻類及動植物基因組中存在。廣東RIP-seq技術服務經驗豐富

    焦磷酸測序（Pyrosequencing）技術服務基于QIAGEN公司的PyroMarkQ96ID平臺，能提供基于序列測定的SNP檢測、等位基因頻率分析和甲基化檢測，雜合子缺失及細菌和病毒分型等技術服務。樣品要求·樣品類型細胞、新鮮組織或DNA樣品·樣品量細胞樣品請提供至少1×106個細胞，組織樣品請提供至少100mg的組織塊或切片，DNA樣品請提供1μg以上的DNA·樣品質量基因組DNA無明顯降解，主帶清晰，大于23Kb，無明顯彌散。OD260/280值在～，濃度≥50ng/μl·樣品保存細胞樣品或新鮮組織塊（切成～50mg的小塊）可液氮凍存后，-80℃保存。DNA樣品可溶于乙醇或超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融·樣品運輸樣品置于ml凍存管中，封口膜封好，干冰運輸。 廣東RIP-seq技術服務經驗豐富