凈化工程動物房布局一般由飼養室、健康觀察室、隔離檢疫室、各種實驗室（外科手術、實驗處理解剖、術后管理、疾病診斷、生理生化檢查、微生物檢疫、飼料營養分析和特殊飼料的調制室等），以及貯藏室、清潔準備室、洗滌消毒室、工作人員用房（包括辦公室、淋浴室、更衣室等）、走廊(清潔區和污染區)、廢棄物處理設施、機房和變電所等組成。其平面布置，應使人、動物和物品的流動路線合理，作業方便。嚴格區分清潔區域和污染區域，以保證人和動物的健康，確保實驗的準確性（人、動物和物品的流動路線見圖）。飼養室的平面尺寸根據飼養量、飼養方式，籠具架規格、排列方式、室內環境、飼養管理及操作方式等綜合研究確定。為了避免溫、濕度在垂直方向出現梯度,籠架高度不宜超過1.8米,頂棚高應在2.2～3米范圍內。走廊寬度要便于操作和搬運物料及器材,以不小于1.3米為宜。清潔準備室的大小,須根據作業內容和消毒滅菌裝置等設施占用的空間確定。

清潔準備室的大小,須根據作業內容和消毒滅菌裝置等設施占用的空間確定。清潔準備室、清潔走廊同洗滌室以墻壁隔開，墻壁絕不允許出現裂縫。地面要平而不滑，不滲水、不漏水、耐藥液腐蝕和耐磨損。對環境要求嚴格的房間，還要考慮選擇發塵低的材料。墻地交角應圓滑無棱角。內墻壁應平滑、耐水、耐磨、耐消毒液腐蝕。墻與墻、墻與頂棚或梁的夾角應圓滑無棱角。頂棚一般不承受壓力，使用涂有防水材料的薄水泥板，能經受水沖和消毒水腐蝕。飼養室通常不設外窗，飼養室之間也不設內窗，以避免干擾。飼養室的門，宜采用鋁合金密封門，開啟方向須注意室內外壓差。屏障與非屏障之間的門，應設置非滿足一定條件不能開啟的裝置。木結構一般只作為簡易的臨時建筑；混合結構多為單層建筑。鋼筋混凝土框架結構的整體性好,變形小,宜在多層建筑中采用。鋼骨架、用鍍鋅波紋金屬板、內鑲聚苯乙烯硬泡沫塑料板做保溫層的圍護結構具有較好的氣密保溫性能。