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北京BD Rhapsody單細胞多組學測序

來源: 發布時間:2022-07-18

針對單細胞測序的細胞數量判斷環節:主要是對細胞數量、基因表達量、測序質量進行整體描述。過濾標準:由于細胞破碎后游離RNA會釋放到環境或孔中,并且測序中也會存在一些死細胞,導致數據存在background值。因此,我們需要設定一定的標準來過濾掉假細胞或死細胞。以10× Genomics為例,細胞數量判斷主要通過分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點,當存在多個斜率拐點的時候,結合預期UMI=500時的細胞數量進行過濾。當斜率拐點低于UMI=500的時候,選擇UMI=500作為細胞的判斷的標準;否則,選擇和預期細胞數量接近的拐點作為細胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實的并且在基因數量上可以分析的數據。烈冰BD Rahpsody單細胞測序平臺,助力您的深入科學探究。北京BD Rhapsody單細胞多組學測序

多樣本數據合并:Fraction of Reads Kept:合并樣本時,各樣本根據Mapped Barcoded Reads per Cell數量計算出來的數據利用率。如果各樣本間該參數值相差很大,需要進行Downsample處理,以數據量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數據,深度解讀數據分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統穩定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!廈門BD單細胞多組學測序ATCG堿基的排列組合構成了測序的龐大世界。

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據不完全統計,截至2022年6月,烈冰生物助力發表單細胞文章近40篇,從平臺應用比例來看,應用10X Genomics和BD Rhapsody兩大平臺發文比例各占50%左右,研究類型涵蓋疾病發展,靶點探索,免疫研究,神經發育,干細胞分化,植物發育,退行病變,糖尿病,COVID-19等等研究;從發表期刊水平來看,烈冰生物聯合發表的單細胞文章,CNS一區期刊占比在30%以上,其中包括immunity三篇,Nature子刊3篇(Nature cell biology,Nature Plants,Nature communication),風濕類領域ARD期刊1篇,CUT 1篇,Advanced Science多篇,IF大于10分以上文章占比高達68.5%,烈冰專屬單細胞測序服務團隊,將與您攜手譜寫下一篇“高分”新文章。烈冰一站式單細胞測序服務:立足科學研究,解碼生命本質。

烈冰生信團隊傾情研發的NovelBrain?生信大數據分析平臺,針對龐大的單細胞測序數據,能夠實現細胞類型鑒定的快、精、準:一鍵導入gene list構建個性化基因列表;輕松一點即可展示Marker基因的Feature plot;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細胞類型;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖,還可以通過調節寬、高和系數比例來調節美觀。平臺上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,幫助烈冰生信分析團隊和自主分析用戶實現分析工具和模板的快速調用和一站式全流程自動化分析,節省工作時間并提升整體工作效率。BD Rhapsody平臺在細胞捕獲過程中沒有偏好性,可同樣無差別捕獲中性粒細胞。廈門BD單細胞多組學測序

BD單細胞測序平臺同時兼容單細胞蛋白組測序(Ab-seq)和免疫組庫測序等工作。北京BD Rhapsody單細胞多組學測序

我國高度重視單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序的供應保證工作,推動研發和供應保證也是深化醫藥衛生體制改進的重要任務。醫藥相關部門多次發布政策文件,鼓勵單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序的研發和生產,提高醫藥的供應保證能力。打造一批以為依托的“互聯網+醫藥健康”協作平臺。這定將給相關企業,帶來非常大的發展機遇。2019年醫藥健康新政頻出,無論是醫藥研發企業還是生產企業,都面臨了很多挑戰。加之生物科技、醫藥科技、信息科技、計算機科技領域內的技術開發、技術服務、技術轉讓、技術咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調查(不得從事社會調查、社會調研、民意調查、民意測驗),從事貨物及技術的進出口業務,計算機、軟件及耗材(除專控),軟件開發【依法須經批準的項目,經相關部門批準后方可開展經營活動】“兩票制”壓縮流通渠道層級,減少中間環節層層加價;反商業賄賂、稅務改進等一系列政策的落地,迫使產業從不規范、低水平的商業化向規范的、高水平成熟的商業化進化。新增內容體現了我國醫藥產業技術升級的方向,有助于引導企業緊跟國際前沿技術,加快開發具有國際競爭力的新產品,提高產業化水平。既是單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序當前發展的重要方向,也是我國重視中醫藥傳承與創新發展的重要體現。北京BD Rhapsody單細胞多組學測序

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